摘要: 转录组是指特定组织或细胞在一定生理条件下的全部转录本。对转录组的解析可以全面地检测生物样本基因组中活跃基因的表达水平变化情况，揭示其功能。RNA-seq是目前最常用的转录组检测技术，其中绝对定量RNA-seq可以直接反映每个基因的RNA绝对数量，可... 展开 转录组是指特定组织或细胞在一定生理条件下的全部转录本。对转录组的解析可以全面地检测生物样本基因组中活跃基因的表达水平变化情况，揭示其功能。RNA-seq是目前最常用的转录组检测技术，其中绝对定量RNA-seq可以直接反映每个基因的RNA绝对数量，可以更加真实地反映基因表达水平，是基因定量转录组研究的关键技术。目前转录组定量方法主要有两种:一是以管家基因作为内参;二是依靠掺入外源spike-in。然而这两种方法有其局限性:当细胞处于不同的生长阶段或生长条件下，其管家基因的表达并不能保持绝对稳定，导致了依赖管家基因的转录组定量技术准确性和稳定性不足;基于外源spike-in的方法虽然可以提供RNA分子的绝对量，但在大多数研究中，研究人员关注的是每个细胞的RNA含量，因此还需要对样本中的细胞进行计数，耗时费力且很多样本因质地坚硬、包埋等原因导致其细胞数难以精准统计。这些技术缺陷限制了定量转录组研究的开展。 针对上述问题，本研究开发出了一种新的绝对定量转录组的测序技术——siqRNA-seq。作为一种不依赖于spike-in的RNA定量测序方法，该方法可以评估每个细胞或每套基因组中表达出的mRNA的拷贝数，且无需细胞计数或RNA定量。为了量化mRNA的表达水平，siqRNA-seq构建了纯RNA文库和总核酸文库，并建立量化模型计算出mRNA拷贝数。基于这项新技术检测了HEK293T、IOSE-80和HCT116这三种细胞系每套基因组中表达的总mRNA拷贝数，并通过RT-qPCR技术验证了siqRNA-seq定量的准确可靠。接下来，将siqRNA-seq技术应用在放线菌素D对HEK293T细胞基因表达影响的研究中，准确识别出了处理后总体mRNA水平的变化情况，并且还发现mRNA的降解速率主要与是否存在m6A修饰有较强关联。该方法可以使研究者能够便捷且准确地评估每套基因组或每个细胞的mRNA拷贝数，并且通过该技术可以避免相对定量导致的基因表达差异被错误估计或低估的现象。该技术提供了一套简洁通用的方法来定量分析各种类型样本中的mRNA情况，大幅度拓展定量转录组的研究领域。 收起