摘要: 背景和目的： STR是广泛存在于人类基因组中的一类具有高度多态性的短串联重复序列,又称为微卫星DNA。作为第二代遗传标记,STR已被广泛地应用于个体识别、亲权鉴定、精细遗传图的构建、连锁不平衡性分析、肿瘤抑癌基因的杂合性缺失、疾病基因定位... 展开 背景和目的： STR是广泛存在于人类基因组中的一类具有高度多态性的短串联重复序列,又称为微卫星DNA。作为第二代遗传标记,STR已被广泛地应用于个体识别、亲权鉴定、精细遗传图的构建、连锁不平衡性分析、肿瘤抑癌基因的杂合性缺失、疾病基因定位和器官移植等领域。在群体遗传学中的STR多态性研究构成了法医学应用的基础,STR分析极大地拓宽了法医物证检验范围。肿瘤抑癌基因通常通过二次打击机制而失活,即一个等位基因发生了突变,另一个等位基因发生了杂合性缺失。杂合性缺失是在大部分实体瘤的基因组中发现的一种普遍的遗传学改变。非随机区域的杂合性缺失可能意味着在此区域存在有抑癌基因,它的缺失能促进肿瘤的发生和进展,因此它或许有癌变发生、发展的预后征兆的意义。 本课题旨在查找6号染色体6q24-25.1区域上新的STR基因座,为法医学和肿瘤学等各领域的应用提供更多可供选择的STR遗传标记;调查6q24-25.1区域上新的STR基因座在河南汉族群体中的遗传多态性,评价其法医学应用价值。同时我们用6q24-25.1区域上的4个新查找的STR标记检测了30例胃癌标本的LOH情况,以求进一步阐明胃癌发病的分子学机制。 方法： 寻找人类6号染色体6q24-25.1区域中新的STR基因座,选择重复单位为四核苷酸的微卫星,利用Primer3软件设计引物;应用降温PCR方法对基因座进行扩增,电泳分型。优化其扩增条件,在群体内查找不同的等位基因,构建等位基因分型标准物。调查6号染色体上新发现的STR基因座在河南汉族群体中的等位基因频率。利用PowerStgs v1.2软件分析结果,获得群体遗传学数据,计算个体识别概率(PD),非父排除率(PE),多态信息含量(PIC)、等位基因频率(frequencz)、杂合度(H)等法医学参数。 选取6q24-25.1区域上的4个STR标记,对肿瘤组织和正常对照组织进行聚合酶链式(PCR)反应,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,以检测LOH发生情况。 结果： 通过对6号染色体DNA序列的查找,我们发现了14个新的STR基因座,其中6个基因座的PD值、H和PIC较高且易于准确分型,分别命名为:D6SZ2、D6SZ6、D6SZ7、D6SZ8、D6SZ9、D6SZ12,其扩增片段分别是219bp、150bp、167bp、234bp、246bp、193bp(参考序列)。在河南汉族群体中这6个STR基因座分别检出6、6、7、4、7、5个等位基因,H值分别为0.555、0.555、0.585、0.712、0.667、0.750,PD值分别是0.857、0.811、0.821、0.803、0.829、0.827,PIC分别是0.65、0.57、0.62、0.60、0.61、0.64。 用其中4个STR遗传标记对30例成对胃癌和正常对照组织的LOH的结果发现,30例胃癌样本中有3份样本发生了LOH,其中位于6q24.2的D6SZ7发生LOH的频率最高,达到15.0％,其次为6q24.1的D6SZ2(11.1％),6q24.2的D6SZ8(9.09％),6q24.2的D6SZ9(6.25％)。 结论： 利用6q24-25.1区域上的DNA序列信息,我们查找到了6个多态性较好、易于准确分型的STR基因座,可应用于法医物证学检验和人类遗传学研究中。在此区域上有一个候选抑癌基因PLAGL1,且在胃癌标本中发生了低频率的LOH。 收起