中国科学技术信息研究所--国家工程技术数字图书馆

[学位论文] 吕奇同济大学 2019年硕士导师: 王海芸共92页

摘要 : 等位基因是位于一对同源染色体的相同位置上控制某一性状的不同形态的基因。通常情况下人类染色体具备两个等位基因，在特殊情况下如先天性的染色体数目异常将导致等位基因的数量发生改变。另外，在癌症的发生发展过程中大量产生的基因突变或基因扩增... 展开等位基因是位于一对同源染色体的相同位置上控制某一性状的不同形态的基因。通常情况下人类染色体具备两个等位基因，在特殊情况下如先天性的染色体数目异常将导致等位基因的数量发生改变。另外，在癌症的发生发展过程中大量产生的基因突变或基因扩增也会导致等位基因的状态和数量发生改变，体现出等位基因频率的差异，即等位基因的不平衡。已有的文献报道发现，由于拷贝数增加、以及衍生型缺失的突变等导致的等位基因不平衡现象影响了肿瘤细胞的恶性程度和治疗的敏感型。对于等位基因不平衡的现象，大多数研究仅限于单个基因的突变等位基因差异，如常见癌基因BRAF、EGFR、KRAS等。目前尚缺乏系统的研究调查泛癌中等位基因的不平衡以及对癌症发生发展和治疗异质性的影响。本研究主要研究内容是突变等位基因频率，其代表的意义是等位基因不平衡现象。我们通过整合TCGA、IMPACT、GDSC等癌症数据资源，系统研究了乳腺癌、肺腺癌、结肠癌和胰腺癌患者样本和细胞系样本中的突变等位基因不平衡现象和癌症之间的异同，以及不平衡与临床表型和药物敏感型之间的关联。研究发现常见的癌症基因在乳腺癌、肺腺癌、结肠癌、胰腺癌中均存在显著的等位基因不平衡。而通过关联患者样本的表型特征发现：无论在癌症的原发部位还是转移部位，等位基因不平衡现象与癌症患者的生存情况有较强的相关关系，一般来说，突变等位基因频率对癌症的发生发展起到了一定的选择性。从癌症治疗的角度来看，不同状态的等位基因频率对部分癌症药物的反应有着明显差异，而通过寻找与某些作用在同一通路药物、并且与其药物敏感性关联性更强的基因，可以发现这些具有等位不平衡现象的基因大多富集于某些特定的分子功能。此外，在不同类型的癌症间，可以找到不同的有统计学意义的存在等位基因不平衡现象的相关基因，这体现了不同癌症之间的异质性，也提供了在癌症精准治疗方面的重要思路。综上所述，通过对癌症患者和细胞系样本的等位基因不平衡现象分析，我们发现了在癌症发生发展过程中特定的等位基因不平衡现象，以此可以作为生物标志物，找到有效的治疗方案，实现癌症的精准治疗。收起

关键词 : 等位基因不平衡癌症异质性精准治疗

2. 大豆种子活力相关性状优异等位变异的发掘

[学位论文] 王财金黑龙江大学 2021年硕士导师: 王洋共116页

摘要 : 大豆[Glyinemax(L.)Merr.]是世界上重要的油料作物，是人类获取植物油和植物蛋白的重要来源。大豆种子萌发期活力性状是幼苗建立的基础，是提高大豆产量和品质的关键。绝大多数的农作物生产都依靠播种种子，种子是实现作物高产的最终衡量指标。种子的... 展开大豆[Glyinemax(L.)Merr.]是世界上重要的油料作物，是人类获取植物油和植物蛋白的重要来源。大豆种子萌发期活力性状是幼苗建立的基础，是提高大豆产量和品质的关键。绝大多数的农作物生产都依靠播种种子，种子是实现作物高产的最终衡量指标。种子的活力已被发现高度依赖于成熟阶段，具有高活力种子的品种可使作物产量提高20％～30％。随着我国农业机械化的不断发展，对种子种用质量的要求越来越高，高活力的种子更能适宜生产需求，对提高大豆单产水平具有重要意义。以往对大豆种子活力数量性状位点(QTL)的研究主要来自于双亲本分离种群，而很少来自自然种群的报告。因此，本研究选用源自我国东北地区的257份春大豆育成品种(系)和104份春大豆地方品种构建两个自然群体，并统计两年(2018年～2019年)鉴定种子的发芽率(GR)、发芽势(GV)、鲜重(FW)、苗长(SL)、主根长(MRL)、下胚轴长(HL)、侧根长(LRL)7个活力相关性状。同时，对种子活力表型进行遗传变异及相关性分析。利用覆盖大豆20条染色体上具有多态性的175对SSR标记检测我国东北春大豆品种的基因组，分析我国春大豆品种遗传多样性，揭示我国春大豆品种SSR标记的连锁不平衡特点。利用TASSEL软件中GLM程序对标记与活力相关性状进行关联作图，进一步发掘与我国东北春大豆种子活力性状关联位点的优异等位变异及载体材料，提出改善不同活力性状的杂交组合设计。主要结果如下: 1.对两个自然群体的种子活力相关性状进行方差分析，发现各品种间差异均达到极显著水平。大豆育成品种和大豆地方品种的种子活力相关性状均呈连续分布，且育成大豆的6个表型(除下胚轴长)与地方大豆相比具有较高的值。所有活力性状的广义遗传率范围在62.19％～95.43％，说明活力性状具有遗传稳定性;其表型性状变异系数范围在13.21％～43.16％，表明我国东北春大豆活力表型变异广泛，具有很大选择潜力。 2.我国东北春大豆品种具有丰富的遗传多样性。共检测到844个等位变异，平均为4.82个，变幅2～12个，多态信息含量(PIC值)平均为0.45，遗传多样性平均为0.50;地方大豆的遗传多样性要高于育成大豆，表明育成大豆可能经过长期自然和人工选择后基因组遗传多样性降低。 3.根据STRUCTURE软件统计结果，育成大豆和地方大豆均被划分为3个亚群。育成大豆群体中，PopⅠ亚群62份，主要源自吉林省品种，PopⅡ亚群和PopⅢ亚群分别为81份和114份，主要源自黑龙江省品种;地方大豆群体中PopⅠ亚群41份、PopⅡ亚群38份、PopⅢ亚群25份。 4.连锁不平衡分析结果显示，我国春大豆育成品种SSR标记的LD成对位点数较大豆地方品种多，但大豆地方品种SSR标记的LD程度较育成大豆高;育成大豆的LD衰减距离为2.53cM，而地方大豆的LD衰减距离为1.46cM，表明我国东北春大豆地方品种衰减更快些。 5.在育成大豆和地方大豆群体中，两年共检测到与活力性状关联的SSR位点共39个，累计110个(次)，分布于19条染色体上，其中14个与鲜重显著相关联、10个与苗长显著相关联、7个与主根长显著相关联、4个与下胚轴长显著相关联、11个与发芽率显著相关联、9个与发芽势显著相关联、15个与侧根长显著相关联。在育成大豆群体中，连续两年共检测到15个相同位点，对表型变异的解释率位于4.19％～14.30％，其中标记Satt303的表型变异解释率最高(2018年14.30％和2019年10.52％);在地方大豆群体中，连续两年共检测到9个相同位点，对表型变异的解释率位于11.43％～28.13％，其中标记Sat378的表型变异解释率最高(2018年21.08％和2019年28.13％)。同时，两类群体中同一SSR标记与多个活力性状相关联的情况较多。 6.进一步发掘与活力性状两年稳定遗传标记的优异等位变异及相应的载体材料，在育成大豆和地方大豆群体中分别发掘到52个和27个具有增效效应的优异等位变异，其中Sat_256-236bp和Sat_378-168bp、Satt441-281bp和Sat_378-156bp、Satt329-262bp和Sat_337-281bp、Satt588-128bp和Satt304-169bp、Satt577-112bp和Sat_378-168bp、Satt413-196bp和Sat_378-156bp、Satt234-108bp和Satt510-142bp分别对幼苗鲜重、苗长、主根长、下胚轴长、发芽率、发芽势和侧根长增加最为明显，相应的典型载体品种分别为合丰48号和克山大金黄、黑农66号和铁荚四粒黄、黑农44号和龙油太、九农1号和克山大金黄、育丰20号和蛟河天鹅蛋、黑农44号和方正白露豆、合丰51号和保险豆。同一个SSR标记其等位变异的表型效应方向并不完全相同;在不同活力性状杂交组合中发现绥农26号、合丰51号、克山大金黄等品种在不同的杂交组合中重复出现，这些品种可能同时改良多个活力性状，有待下一步验证。收起

关键词 : 大豆种子活力连锁不平衡优异等位变异

3. 肺癌中自然选择与等位基因表达噪音对等位基因不平衡表达的作用

[学位论文] 黄晋飞中国科学院大学 2018年博士导师: 孔祥银共95页

摘要 : 肿瘤发生是正常细胞转化成为肿瘤细胞的过程，表现为细胞中遗传与表观遗传水平变化的积累，最终导致细胞获得异常分裂的能力。从正常细胞缓慢改变为肿瘤细胞的过程中，细胞群可以表现出类似动物种群进化的特征。少数突变具有增强细胞存活或者繁殖的能... 展开肿瘤发生是正常细胞转化成为肿瘤细胞的过程，表现为细胞中遗传与表观遗传水平变化的积累，最终导致细胞获得异常分裂的能力。从正常细胞缓慢改变为肿瘤细胞的过程中，细胞群可以表现出类似动物种群进化的特征。少数突变具有增强细胞存活或者繁殖的能力，赋予细胞生存优势。如果该突变发生在具有有丝分裂能力的细胞中，则会导致携带突变的细胞数量增加，形成优势细胞群体。这部分细胞在生长过程中继续积累突变，最终完成肿瘤的转化。早先的研究更多地聚焦在体细胞突变对肿瘤发生过程的推动作用，而生殖系突变对肿瘤发生的影响却鲜有研究。等位基因不平衡表达(AEI)是转录过程中的普遍现象，表现为二倍体基因组的两个等位基因表达比例偏离1∶1，主要是由顺式调控因子在等位基因上的不对称分布造成。在本课题研究中，我们利用AEI作为工具，筛选SNP代表生殖系突变，分析位于外显子中的SNP对杂合基因的等位基因表达的影响，并推断生殖系突变在肿瘤发生中的作用。我们从TCGA和EBI数据库中筛选肺癌样本，获得肿瘤，癌旁配对的转录组测序数据，并以千人基因组中获得的正常血样的转录组测序数据作为正常对照，筛选这些数据中杂合的SNP，分析AEI与组织类型、基因功能、基因与位点保守性、SNP是否改变氨基酸序列等特性之间的关系。从中对比分析出肿瘤中特异性的AEI模式。同时以连续传代的间充质干细胞模拟肿瘤发生过程早期，对其进行测序并进行AEI分析，推断肿瘤发生早期转录组出现的变化。我们发现肿瘤组织和癌旁组织中的高频率AEI基因的功能聚类都与其自身组织的功能特性相关，同时AEI频率与基因保守性在正常组织中呈现负相关，而在肿瘤组织中呈现正相关。进一步，我们发现在正常组织中，非同义SNP较之同义SNP可以显著提升AEI发生率。由此得出，自然选择作用可以通过改变AEI而影响到转录组层面。同时，我们发现了AEI也会受到等位基因表达噪音的影响，而且这个影响在肿瘤中尤为明显，其直接结果导致转录组范围内整体AEI发生率提高，并减弱自然选择作用的表现，使非同义SNP对AEI发生率的提升作用消失。进一步研究发现，等位基因表达噪音逐渐提高的趋势在正常细胞转化为肿瘤细胞之前已经开始出现。并且在对驱动基因进行AEI分析中发现，我们无法在癌旁组织中观察到非同义SNP对驱动基因AEI发生率的提升。这说明等位基因表达噪音增加在肿瘤发生早期会更显著地影响驱动基因。由于噪音可以提升基因表达多态性从而提升细胞的适应性，这可能与生殖系突变在肿瘤发生早期的作用相关。我们利用AEI将肿瘤发生与细胞的转录组特征结合，发现AEI受到自然选择与等位基因表达噪音的双重作用。研究结果表明了生殖系突变可以通过AEI影响肺癌的肿瘤发生，对肿瘤发生的进化模型在转录组水平上进行了扩展。收起

关键词 : 肺癌肿瘤发生转录组测序等位基因不平衡表达自然选择等位基因表达噪音

4. 精神发育迟滞和脑卒中候选基因的连锁不平衡分析

[学位论文] 孙芸中国科学院上海生命科学研究院 2007年博士导师: 贺林共138页

摘要 : 本论文运用连锁不平衡分析方法研究了两种复杂性遗传疾病(精神发育迟滞和脑卒中)的候选基因。在对精神发育迟滞的研究中，笔者研究了位于下丘脑-垂体-甲状腺轴上的一个重要的转录因子 POU1F1 基因和神经传递过程中对突触的可塑性起着重要作用的 RAB3A... 展开本论文运用连锁不平衡分析方法研究了两种复杂性遗传疾病(精神发育迟滞和脑卒中)的候选基因。在对精神发育迟滞的研究中，笔者研究了位于下丘脑-垂体-甲状腺轴上的一个重要的转录因子 POU1F1 基因和神经传递过程中对突触的可塑性起着重要作用的 RAB3A 基因。笔者在来自秦巴山区的中国汉族人群中对这两个基因展开了病例对照的连锁不平衡分析。结果发现在女性组中，POU1F1 基因的 rs300996， snp-7057 和rs300977三个位点的等位基因以及所构成的单倍型频率(global P=0.0050)相对于总病例和对照组中表现出更强的显著差异；数量性状分析也表明，位点rs300996的等位基因频率和由 rs300996、snp-7057、rs300977 构成的单倍型频率分布在女性样本中也表现出显著性差异。在笔者选取的能基本覆盖整个RAB3A基因的遗传标记中，没有发现任何等位基因，基因型以及单倍型频率在病例和对照中有差异。研究结果首次表明 POU1F1 对精神发育迟滞的作用有性别依赖性，而RAB3A基因在汉族人群中不是精神发育迟滞的易感基因。 ALOX5AP 和 PDE4D 基因是在冰岛人群中通过大规模的全基因组连锁分析定位后，进一步通过连锁不平衡分析精细定位找到的脑卒中的候选基因。笔者在来自中国东部地区的汉族人群中开展连锁不平衡分析，旨在研究这两个基因是否是中国人群脑卒中的相关基因。对ALOX5AP的研究发现，在男性病例对照组中，位点 SG13S114的频率分布在病例和对照中表现出显著性差异，snp-10267，SG13S377，SG13S114 和 SG13S32 构成的整体单倍型和单个单倍型的频率分布在病例组和对照组中也有显著性差异。对PDE4D的研究发现，位点 SNP83的等位基因频率分布在心源性和颈动脉性脑卒中病例和对照中表现出显著性差异；在脑内小动脉阻塞性脑卒中组进行研究的时候，由rs152312和SNP56构成的整体单倍型和单个单倍型的频率分布在病例组和对照组中表现出显著性差异。研究结果进一步表明，ALOX5AP和PDE4D在中国人群中也是脑卒中的易感基因。收起

关键词 : 精神发育迟滞脑卒中汉族人群连锁不平衡分析等位基因

5. 啮齿类动物中等位不平衡表达现象的研究

[学位论文] 崔晓龙中国科学院大学 2016年博士导师: 周琪共91页

摘要 : 在二倍体哺乳动物中存在着广泛的等位基因表达不平衡现象，例如基因组印记、雌性细胞的X染色体失活以及常染色体随机单等位基因表达等。本文中，我们以本实验室创造的大小鼠异源杂合二倍体细胞以及普通的小鼠胚胎干细胞为研究对象，利用多种高通量检测... 展开

关键词 : 啮齿类动物等位不平衡 X染色体失活基因组印记

6. 四种高发肿瘤的等位基因不平衡性研究

[学位论文] 曾园媛厦门大学 2017年硕士导师: 李奇渊共91页

摘要 : 肿瘤是人最主要的致死性疾病，其发生发展过程中均伴随着大量的基因组改变。当同源染色体片段相对于另一条同源染色体的拷贝数增加或减少时，伴随着一个现象的发生，等位基因不平衡。如果被扩增的同源染色体的片段携带着比另一条同源染色体更有利于肿... 展开肿瘤是人最主要的致死性疾病，其发生发展过程中均伴随着大量的基因组改变。当同源染色体片段相对于另一条同源染色体的拷贝数增加或减少时，伴随着一个现象的发生，等位基因不平衡。如果被扩增的同源染色体的片段携带着比另一条同源染色体更有利于肿瘤生长的遗传变异位点，则此片段在肿瘤细胞生长过程中有选择性优势。高通量测序技术的快速应用与精准医疗研究的快速发展，产生了海量基因组学数据，现在可以较容易且准确的获得整个基因组的完整信息。本研究从一个独特的视角来探究四种高发肿瘤（乳腺腺癌、结直肠腺癌、肺腺癌和前列腺癌）发展过程基因组的变化，以期为肿瘤的临床预后提供理论依据。为了找到在肿瘤细胞生长过程中具有选择性优势的基因座，构建了一个贝叶斯概率模型，用于评估在肿瘤群体中频繁发生的等位基因不平衡。在这个研究中，使用大型肿瘤公共数据库TCGA提供的肿瘤组织与正常组织配对的外显子测序数据，遗传变异位点数据库NCBI dbSNP Build144的外显子区域位点，进行了等位基因不平衡性位点的评估。首先，从两个方面来验证了模型，一是验证样本中等位基因比例与评估的等位基因比例的一致性，二是通过体细胞拷贝数变异与等位基因不平衡的关联性来验证。其次，对评估的等位基因不平衡基因座进行功能预测，比较等位基因不平衡基因座和平衡基因座的功能富集度，发现对氨基酸、蛋白质编码等有影响的功能位点都富集在等位基因不平衡基因座中。再次，进行了等位基因不平衡与体细胞拷贝数变异的关联分析，发现体细胞拷贝数变异越频繁的区域等位基因不平衡事件也越频繁发生。然后，通过基因功能富集分析，包括染色体位置，KEGG通路，GO生物过程，发现不平衡基因富集在癌症相关的重要生物通路中，例如，四个肿瘤的不平衡基因都显著富集在“KEGG PATHWAYS IN CANCER”、“KEGG ECM RECEPTOR INTERACTION”、“KEGG FOCAL ADHESION”等肿瘤细胞生长与转移相关的KEGG通路中。最后，还验证了DNA水平的等位基因不平衡与表达不平衡的关联，发现基因表达不平衡的发生还有其他因素在起作用。肿瘤生长是一个复杂的过程，本研究通过对肿瘤基因组的等位基因不平衡性研究，以期为肿瘤发生机制和临床预后提供参考信息。收起

关键词 : 恶性肿瘤发病机制等位基因不平衡性分析全外显子组测序

7. 喉癌变过程中染色体3P，9P和17P上等位基因不平衡性的相关研究

[学位论文] 郭涛安徽医科大学 2007年硕士导师: 孙敬武;吕秋萍共44页

摘要 : 目的：探讨喉癌变过程中染色体3P,9P和17P上微卫星位点的杂合性缺失和微卫星不稳定性的改变状况，探讨等位基因不平衡性在喉癌前病变的意义，及其与临床病理特征的关系。进一步探索喉癌前病变在分子水平诊断提供新途径和依据，同时可以证实了几个在喉... 展开目的：探讨喉癌变过程中染色体3P,9P和17P上微卫星位点的杂合性缺失和微卫星不稳定性的改变状况，探讨等位基因不平衡性在喉癌前病变的意义，及其与临床病理特征的关系。进一步探索喉癌前病变在分子水平诊断提供新途径和依据，同时可以证实了几个在喉癌前病变早期检测指标的微卫星标志物。方法：取49例喉癌前病变及喉癌组织新鲜手术切除标本，同时取同一来源的正常组织或加肝素的抗凝静脉血5ml作为正常对照。分为单纯过度增生(hyperplasias，HP)9例、轻度不典型增生(low grade dysplasia，LGD)10例、重度不典型增生(high grade dysplasia，HGD) 15例、喉鳞状细胞癌(LSCC)15例选取染色体 3P、9P和 17P 上六个多态性微卫星位点 D3S1234、D9S171、D9S1748、D9S162、INFA和D17S796，利用聚合酶链式反应-简单序列长度多态性-银染技术，对49例喉癌变组织，进行等位基因不平衡分析，统计杂合性缺失和微卫星不稳定性的发生率及其与临床资料相关性。结果：LOH和MST发生率分别为：单纯过度增生3.7％和14.81％、轻度不典型增生10.81％和21.62％、重度不典型增生26.03％和23.29％、喉癌38.67％和21.33％。其中杂合性缺失的频率随病变组织学的严重程度增加而增高，杂合性缺失的总检出率在不同病理组间有差异有显著性(x=0.314，P>0.05)。在HP和LGD病理组中微卫星不稳定性的检出率明显高于杂合性缺失，而在HGD和LSCC组中杂合性缺失的检出率明显高于微卫星不稳定性。杂合性缺失和微卫星不稳定性总检出率最高的位点为D9S171(62.5％)，本实验中有病例同时存在2个以上位点的杂合性缺失或微卫星不稳定性，其中LGD 2/10(20％)，HGD 8/15(53％)，LSCC 9/15(60％)，差异无显著性。结论： 1．微卫星分析作为一个敏感的遗传指标已经广泛应用于肿瘤研究．本次实验结果显示49例喉癌前病变和癌组织中等位基因失衡总检出率为23.11％，其中癌前病变为38.69％，喉癌为60％，提示喉癌变过程中基因组不稳定性增加。符合癌前病变随着组织学异常程度加重发展为癌的风险度将增加。 2．喉癌前病变的早期即HP和LGD组中微卫星不稳定性频率高于杂合性缺失，微卫星不稳定性可作为微卫星分析早期癌前病变的辅助检测方法。数据统计显示，有病例同时有2个以上位点发生微卫星改变，增加癌变或复发风险，本组病例均有复发或癌变前有癌前病变史。 3．D9S171位点的LOH和MSI总检出率最高，说明在D9S171位点附近也可能存在与喉癌前病变发生发展有关的候选抑癌基因，需进一步证实。目前微卫星分析已成为寻找和分析染色体上TSGs位置和失活的重要手段。收起

关键词 : 喉癌等位基因不平衡性杂合性缺失不典型增生染色体

8. 利用DIP-连锁DNA多态性分析混合斑的探索研究

[学位论文] 刘晋玎山西医科大学 2020年博士导师: 贠克明;张更谦共136页

摘要 : 目的：在法医物证学研究中，混合生物检材一直是检验的难点，因为其组成人数和各组成成分比例的不确定性，造成混合斑的解释困难，使得证据不能发挥原本的效力。目前常规检测的生物标记是短串联重复序列(Short tandem repeat，STR)，包括常染色... 展开目的：在法医物证学研究中，混合生物检材一直是检验的难点，因为其组成人数和各组成成分比例的不确定性，造成混合斑的解释困难，使得证据不能发挥原本的效力。目前常规检测的生物标记是短串联重复序列(Short tandem repeat，STR)，包括常染色体STR和Y染色体STR标记。对于混合斑STR分型结果的解析，也发展了基于峰高、峰面积等似然比法、贝叶斯理论的统计学方法等，但不同的方法解析标准不一样。而且，由于遮盖效应(Masking effect)，传统STR标记只能检测出混合比例在1∶10以上的混合斑中的次要参与者，如果混合比例在1∶10以下，则无法获得次要参与者的分型。近年来，法医学者发展了更多的遗传标记，例如单核苷酸多态性位点(Single nucleotide polymorphism，SNP)、插入缺失位点(insertion-Deletion polymorphism， INDEL/DIP)、微单倍型标记(Microhaplotype)，极大的提高鉴定混合斑的灵敏度，但由于SNP、DIP和微单倍型位点由于其多态性较低，目前只能作为补充检测。2013年，HallD等学者提出了一种联合标记DIP-STR，将DIP位点的高灵敏度和STR基因座的高多态性结合，用于检测不平衡混合斑。ZhangL等学者提出利用扩增阻滞突变系统(Amplification refractory mutation system，ARMS)原理，实现SNP-STR的联合标记检测，并将其应用于不平衡混合斑。综合以上生物标记的优势，我们提出了运用DIP-SNP和DIP-Microhaplotype遗传标记检测不平衡混合斑和降解的不平衡混合斑。建立利用等位基因特异性引物复合扩增技术、SNaPshot微测序技术和毛细管电泳(Capillary electrophoresis，CE)技术的复合体系，并探索了这两类联合遗传标记在不平衡混合斑和降解不平衡混合斑的应用。方法： 1、建立基于DIP-SNP遗传标记对不平衡混合斑的分析方法：(1)按照以下标准，在数据库中筛选DIP-SNP遗传标记：1)DIP位点的等位基因长度(插入或者缺失的碱基)介于2bp-10bp之间；2)DIP位点不能位于重复区；3)DIP和SNP位点的杂合度≥0.2；4)DIP和SNP位点距离≤300bp。(2)根据等位基因特异性扩增技术，利用Primer3软件设计L型、S型上游引物和下游引物。(3)构建L型和S型复合扩增体系。(4)设计单碱基延伸引物，构建SNaPshot微测序体系和电泳检测方法。(5)利用60例山西汉族健康无关个体，调查人群数据。(6)检测复合体系的灵敏度和种属特异性。(7)检测单个基因座对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度和复合体系对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度。 2、建立基于DIP-SNP遗传标记对不平衡混合斑和降解不平衡混合斑的分析方法：(1)按照以下标准，在数据库中筛选新的DIP-SNP遗传标记：1)SNP位点位于DIP位点的上下游150bp以内；2)avHET≥0.2；3)DIP-SNP遗传标记位于不同染色体。(2)根据等位基因特异性扩增技术，利用Primer3软件设计L型、S型上游引物和下游引物。(3)构建L型和S型复合扩增体系。(4)设计单碱基延伸引物，构建SNaPshot微测序体系和电泳检测方法。(5)利用60例山西汉族健康无关个体，调查人群数据。(6)检测复合体系的灵敏度和种属特异性。(7)检测单个基因座对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度和复合体系对二参与者不平衡混合斑、二参与者降解不平衡混合斑的检测灵敏度。 3、建立基于DIP-Microhaplotype遗传标记对不平衡混合斑和降解检材的分析方法：(1 )按照以下标准，在数据库中筛选DIP-Microhaplotype遗传标记：1)Microhaplotype位点位于DIP位点上游或者下游150bp以内；3)DIP和SNPs的avHET≥0.2；4)DIP-Microhaplotype遗传标记位于不同染色体。(2)根据等位基因特异性扩增技术，利用Primer3软件设计L型、S型上游引物和下游引物。(3)构建L型和S型复合扩增体系。(4)设计单碱基延伸引物，构建SNaPshot微测序体系和电泳检测方法。(5)利用60例山西汉族健康无关个体，调查人群数据。(6)检测复合体系的灵敏度和种属特异性。(7)评估单个基因座对二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度和复合体系对单一降解检材、二参与者不平衡混合斑的检测灵敏度。(8)对10000对二参与者模拟混合斑进行44个基因座的分析。结果： 1、我们共建立了2个DIP-SNP体系，分别包含有14个和20个DIP-SNP遗传标记，其中有3个基因座在山西人群中无多态性。其余基因座多态性良好，分布符合Hardy-Weinberg平衡。两个体系的累计个人识别概率分别为0.999882971和0.998363862。对混合斑检测的平均有效性标记值为0.301和0.293。两个复合体系可以检测到1ng以上DNA模板。复合体系在检测二参与者混合斑中的次要参与者时，灵敏度分别为1∶50和1∶100。单个基因座对二参与者混合斑中的次要参与者进行检测时，灵敏度均为1∶1000。 2、该10个DIP-Microhaplotype遗传标记在山西汉族人群中多态性良好，分布符合Hardy-Weinberg平衡。该系统的累计个人识别概率为0.998805889。具有种属特异性。DIP-SNP遗传标记的表型个数从2到4个。其中有1个基因座的DIP位点无多态性，其余9个基因座对混合斑检测的平均有效性标记值(Informative marker value，I value)为0.308。使用0.1ngDNA模板即可获得目标峰，但是为了得到更可信的峰，我们推荐使用1-10ngDNA模板。对二参与者混合斑中次要参与者独有的单倍型的检测灵敏度为1∶100。单个基因座对二参与者混合斑中次要参与者的检测灵敏度为1∶1000。通过对10000对模拟混合斑的44个基因座分析，有效性标记的个数为3-24个，平均为13.5个，有效性标记越多，检测到的次要参与者的单倍型越多，对次要参与者的个人识别力越高。结论：本实验成功构建了2个DIP-SNP复合体系和1个DIP-Microhaplotype复合体系，并验证了其在单一降解检材、不平衡混合斑、降解的不平衡混合斑的应用价值。DIP-SNP和DIP-Microhaplotype两类遗传标记可作为法医DNA混合斑检测时的一种补充工具。未来需要筛选更多这样的遗传标记。收起

关键词 : 不平衡混合斑降解检材等位基因特异性扩增用DIP-连锁 DNA多态性

9. 合并正常子代信息的传递不平衡检验方法探讨

[学位论文] 魏钦玉华中科技大学 2015年硕士导师: 尹平共60页

摘要 : 目的：探讨合并正常子代信息的传递不平衡检验方法(TDTU)，并通过Monte Carlo模拟考评该方法的Ⅰ类错误和检验效能。以期构建一种能够同时分析杂合子亲代到患病子代和杂合子亲代到正常子代等位基因传递信息的高效能方法。方法：基于数量性状的传... 展开目的：探讨合并正常子代信息的传递不平衡检验方法(TDTU)，并通过Monte Carlo模拟考评该方法的Ⅰ类错误和检验效能。以期构建一种能够同时分析杂合子亲代到患病子代和杂合子亲代到正常子代等位基因传递信息的高效能方法。方法：基于数量性状的传递不平衡检验方法(QTDT)的思想，构建合并正常子代信息的传递不平衡检验方法(TDTU)。利用Monte Carlo模拟，通过不同的参数设置对所构建的TDTU与传统的TDT及可以将杂合子亲代到正常子代等位基因传递信息纳入统计推断的另外两种方法i-TDT及GDT进行考评，比较它们Ⅰ类错误的控制情况以及在不同的家庭模式、不同的亚组人群、不同的疾病外显率或不同遗传模式下的检验效能。所有模拟过程均采用R3.0.2软件编程实现。结果：（1）构建得到TDTU检验统计量计算公式：此处公式省略！（2）Monte Carlo模拟结果显示：四种方法的Ⅰ类错误均控制在0.05左右，TDTU检验的在三种原假设条件下的Ⅰ类错误分别是：0.0539,0.0495,0.0452。（3）在大多数疾病模式和人群中，随着连锁不平衡系数δ的增加，TDTU方法的检验均效能始终高于i-TDT方法和GDT方法。当f0=f1=0.2，f2=0.4时，TDTU的检验效能介于0.062~0.934，而i-TDT、GDT、TDT分别介于0.062～0.903、0.049~0.916、0.055～0.806。（4）在所模拟的所有情形中，三种方法的检验效能均显著高于只纳入杂合子亲代到患病子代传递信息的TDT检验方法，说明加入杂合子到正常子代的传递信息能够增加关联分析和连锁分析的检验效能。（5）增加外显率f2的值，即当个体包含两个致病等位基因时该个体患病的概率，可以有效增加TDTU，i-TDT，GDT和 TDT四种检验方法的检验效能。降低f0，f1的值，即当个体包含0个，1个致病等位基因时该个体患病的概率，也可以有效增加四种检验方法的检验效能。并且四种方法在隐性遗传模式下所得出的检验效能最高,当f0=f1=0.3,f2=0.6时，TDTU的检验效能介于0.077～0.996，而i-TDT、GDT、TDT分别介于0.067～0.996、0.054~0.989、0.063～0.802。其次是可加性遗传模式，而在显性遗传模式下，四种方法的检验效能均相对较低。结论：加入杂合子亲代到正常子代的等位基因传递信息能够提高关联分析和连锁分析的检验效能。TDTU方法适用于相互独立且至少有一个患病子代的核心家庭，并且可以适应各种研究设计。当每个家庭中只有一个患病子代且亲代和该患病子代基因型均不存在缺失时，TDTU方法等价于传统的传递不平衡检验(TDT)方法。相对于i-TDT方法和GDT方法，TDTU方法的统计量构造更加简单明确，并且更容易实现。在大多数疾病模式和人群中，TDTU方法的检验效能总是略高于i-TDT方法和GDT方法。收起

关键词 : 正常子代信息杂合子亲代患病子代等位基因传递传递不平衡检验 Monte Carlo模拟

10. 北方汉族家庭中HLA单倍型与银屑病的关联研究

[学位论文] 许俨天津医科大学 2006年硕士导师: 徐丽敏共54页

摘要 : 目的：了解人类白细胞相关抗原(humanleukocyteantigen,HLA)Ⅰ类、Ⅱ类位点等位基因在中国北方地区汉族银屑病(psoriasis,Ps)家庭中的频率分布，寻找HLA上的银屑病易感基因，并进一步分析银屑病与HLA单倍型的关系，为银屑病基因水平的诊断、治疗及预后... 展开目的：了解人类白细胞相关抗原(humanleukocyteantigen,HLA)Ⅰ类、Ⅱ类位点等位基因在中国北方地区汉族银屑病(psoriasis,Ps)家庭中的频率分布，寻找HLA上的银屑病易感基因，并进一步分析银屑病与HLA单倍型的关系，为银屑病基因水平的诊断、治疗及预后评估奠定基础。方法：将家庭标本按银屑病患者和正常对照分为两组，应用序列特异性引物-聚合酶链反应(polymerasechainreaction-sequencespecialprimers，PCR-SSP)法对标本进行Ⅰ类、Ⅱ类位点等位基因分型。统计学处理：用直接计数法计算等位基因频率和基因型频率，并作Hardy-Weinberg吻合度检验。用SPSS软件作进一步统计分析：HLAⅠ类、Ⅱ类位点上的某一基因在银屑病患者组和对照组间的构成比较用四格表x2检验；HLA不同位点等位基因在银屑病家系的患者与同一家庭正常对照者中分布比较用四格表x2检验；HLA各座位间连锁不平衡分析采用连锁不平衡参数计算法。结果：本研究检测了8个银屑病核心家庭的27例银屑病患者和家系中的9例正常人的DNA标本，检测到HLA-A座位等位基因10个、B座位等位基因15个、Cw座位等位基因14个、DPB1座位等位基因12个、DQA1座位等位基因12个、DQB1座位等位基因10个、DRB1座位等位基因10个。在两组受检者中，等位基因频率分布差异有显著性(P＜0.05)的是：B*37(14.81％：0)、Cw*0602(50.00％：27.78％)、DPB1*0501(44.44％：27.78％)和DQB1*0501(18.50％：0)在患者中分布频率高于正常人，B*48(1.85％：16.67％)在患者中分布频率低于正常人。B*37的RR=12.600，DQB1*0501的RR=14.737，是该病的很强致病基因；Cw*0602的RR=7.042，DPB1*0501的RR=3.231，是该病的强致病基因；B*48的RR=0.068，是该病的很强保护基因。检出存在两座位间连锁不平衡的单倍型30条：A*01-B*57、A*30-B*13、B*13-Cw*0602、B*15-Cw*0801、B*37-Cw*0602、B*57-Cw*0602、A*01-Cw*0602、A*30-Cw*0602、A*68-Cw*0602、Cw*0602-DPB1*0901、Cw*1202-DPB1*0501、B*13-DRB1*0701、B*37-DRB1*1001、B*57-DRB1*0701、DRB1*0701-DQA1*0201、DRB1*1001-DQA1*0105、DRB1*1501-DQA1*0102、DRB1*0401-DPB1*0501、DRB1*0701-DPB1*0901、DQA1*0102-DQB1*0602、DQA1*0105-DQB1*0501、DQA1*0201-DQB1*0202、DQA1*0201-DQB1*0303、DRB1*0701-DQB1*0202、DRB1*0701-DQB1*0303、DRB1*1001-DQB1*0501、DRB1*1201-DQB1*0301、DRB1*1501-DQB1*0602和DPB1*0901-DQA1*0201，是与银屑病相关的单倍型。结论：1.获得HLA各位点等位基因在中国北方汉族银屑病患者和正常人群中的频率分布特征，证实了HLA位点等位基因在人群中的多态性，发现某些基因在两组间的分布存在显著性差异。 2.本研究中检出13条单倍型：A*68-Cw*0602、Cw*0602-DPB1*0901、Cw*1202-DPB1*0501、Cw*0602-DRB1*0701、DRB1*1501-DQA1*0102、DRB1*0401-DPB1*0501、DRB1*0701-DPB1*0901、DQA1*0102-DQB1*0602、DQA1*0201-DQB1*0303、DRB1*0701-DQB1*0303、DRB1*1201-DQB1*0301、DRB1*1501-DQB1*0602、DPB1*0901-DQA1*0201是中国北方汉族人群中与银屑病相关的特异单倍型。完整涉及HLA的Ⅰ类、Ⅱ类经典基因，在国内外尚未见报道。收起

关键词 : 银屑病 HLA单倍型等位基因连锁不平衡基因多态性基因诊断预后评估