中国科学技术信息研究所--国家工程技术数字图书馆

1. 基于病例--对照设计的家系和独立个体数据的X染色体上多位点关联分析方法研究

[学位论文] 李锦南方医科大学 2022年硕士导师: 周基元共77页

摘要 : X染色体上的基因参与了多种生物学机制，具有十分重要的作用，与许多人类疾病息息相关，例如肥胖、乳腺癌、哮喘病等。与X染色体相关联的疾病一般存在性别差异，其重要原因之一是因为X染色体的数目在两性之间不同，男性只有一条X染色体，而女性有两条... 展开 X染色体上的基因参与了多种生物学机制，具有十分重要的作用，与许多人类疾病息息相关，例如肥胖、乳腺癌、哮喘病等。与X染色体相关联的疾病一般存在性别差异，其重要原因之一是因为X染色体的数目在两性之间不同，男性只有一条X染色体，而女性有两条X染色体。为了平衡两性之间X染色体的基因表达水平，女性中存在一种重要的基因调控机制——X染色体失活。因为某些疾病可以遗传给子代，在家系中往往具有聚集性，所以更容易被检测出来。而且，家系数据可以有效地控制人群分层导致的混杂效应，适合用来分析一些罕见的基因突变。然而，现有的关联分析方法只是单独基于家系个体或者独立个体，倘若样本中既有家系个体又有独立个体，目前尚未有合适的方法适用于此种情况。因此，本研究基于病例-对照设计的家系和独立个体数据提出三类X染色体上多位点关联分析方法。目的: 本研究基于病例-对照设计的家系和独立个体数据提出三类X染色体上多位点关联分析方法，其中考虑了X染色体随机失活或逃逸失活的情况。方法: 本研究基于病例-对照设计的家系和独立个体数据，首先按性别对数据进行分层，然后根据女性数据和男性数据分别构建女性检验统计量和男性检验统计量，最后使用Cauchy方法来合并女性检验统计量的P值和男性检验统计量的P值，从而得到最终的P值。通过计算机模拟研究，比较三类新方法(XWcorrected、XWQLS、 XSKAT)和现有方法(FxBurden、FxSKAT)的第一类错误率及其检验效能。结果: 模拟结果表明，无论女性和男性患病率是否相同，新提出的方法都能够较好地控制第一类错误率(在0.036到0.063之间)，然而在女性和男性患病率不同时，现有方法难以控制第一类错误率(远远大于0.063)。如果仅用家系数据，新提出方法的检验效能会比现有方法略低。然而，随着加入独立个体数据，新提出方法的检验效能会逐渐增加。例如，当家系数据的样本量为90，女性和男性患病率均为20％，致病位点比例为10％，正效应致病位点比例为80％时，基于家系病例个体和家系对照个体，新提出方法(XWcor2、 XWQLS2、 XSKATS2、 XSKATD2)的检验效能分别为0.132、0.137、0.412和0.414，现有方法(FxBurden、FxSKAT)的检验效能分别为0.145和0.455;基于家系病例个体、家系对照个体、独立病例个体和独立对照个体的新提出方法(XWcor5、 XWQLS5、 XSKATS5、 XSKATD5)的检验效能分别为0.164、0.168、0.498和0.506。当正效应致病位点的比例降低时，XSKAT方法能保持较为稳定的检验效能，然而XWcorrected和XWQLS方法的检验效能会明显下降。随着相邻位点间相关系数的增大，新提出方法和现有方法的检验效能均有下降的趋势。随着样本量的增大，所有方法的检验效能均有增加的趋势。结论: 本研究基于病例-对照设计的家系和独立个体数据提出了三类稳健的多位点关联分析方法，并且考虑了X染色体随机失活或逃逸失活的情况。新提出方法不仅适用于家系数据，而且还适用于任意相关结构的样本数据，例如既有家系个体又有独立个体的混合数据。收起

关键词 : X染色体多位点关联分析病例-对照设计随机失活逃逸失活

2. 调节Xist基因转录因子的研究

[学位论文] 马立平南开大学 2011年硕士导师: 陈凌懿共62页

摘要 : 哺乳动物X染色体连锁基因表达上的剂量差异，是通过雌性胚胎发育早期一条X染色体的失活(XCI)来平衡的。XCI包括印记型失活和随机型失活两种形式，其过程很复杂，包括启动、计数、选择、失活、维持等一系列的步骤。X染色体失活中心(XIC)是XCI的调控开关... 展开

关键词 : X染色体失活转录因子基因表达

3. 合并XCI与印记效应的X染色体致病基因定位方法研究

[学位论文] 张玉南方医科大学 2020年硕士导师: 周基元共130页

摘要 : X染色体在很多伴性遗传病中有着非常重要的作用。然而，人们目前发现的X染色体上与疾病相关联的单核苷酸多态性位点却很少。与常染色体相比，定位X染色体上的疾病位点显得更加困难。究其原因，一方面是由于男性和女性X染色体的数量不同;另一方面，为了... 展开 X染色体在很多伴性遗传病中有着非常重要的作用。然而，人们目前发现的X染色体上与疾病相关联的单核苷酸多态性位点却很少。与常染色体相比，定位X染色体上的疾病位点显得更加困难。究其原因，一方面是由于男性和女性X染色体的数量不同;另一方面，为了防止女性的基因表达量是男性的2倍，女性个体体内细胞会选择其中一条X染色体失活以达到剂量补偿的作用。有三种类型的失活机制:逃逸失活、随机失活和偏倚失活。此外，印记基因对正常的生长发育起着至关重要的作用，而变异的遗传印记则会影响个体的生长发育，导致各种疾病。研究发现人类中某些复杂性状也与X染色体上的印记基因相关联。目前，人们已经提出一些适用于定位X染色体上致病位点的关联分析方法，这些方法考虑了X染色体失活。然而，没有一种方法合并了印记效应的信息。目的: 基于病例对照数据，在不需要指定遗传模型的前提下，提出一种可以合并X染色体失活和印记效应的定位疾病位点的方法。方法: 假设男性和女性的致病基因相同，将数据按照性别分层，分别构造检验统计量，然后将这些检验统计量按照样本量加权合并得到最终的检验统计量ZXCII。通过大量的计算机模拟研究比较新提出的ZXCII方法与现有关联分析方法的第一类错误率和检验效能。结果: 模拟结果表明，新提出的ZXCII方法在没有关联的情况下能够很好地控制第一类错误率。ZXCII在所有考虑的模拟背景下都有着稳健的检验效能。在印记效应存在的情况下，尤其是在完全印记效应的情况下，ZXCII的检验效能一般都高于现有方法。结论: ZXCII方法不需要指定X染色体失活的模式，也不需要指定具体的印记效应。该方法能够很好地控制第一类错误率，在印记效应存在的条件下，比大部分现有方法的检验效能高。所以该方法是一种比较稳健的定位X染色体上疾病基因位点的方法。收起

关键词 : X染色体失活致病位点基因定位印记效应

4. 自然流产性别特异性胚胎淘汰及其发生机制的初步研究

[学位论文] 刘丽娟南方医科大学 2010年硕士导师: 曾嵘共62页

摘要 : 背景与目的：自然流产是妇产科的一种常见病,其发生率约占临床妊娠的10～0％,且近年来还呈现出逐渐上升的趋势。在迄今为止所发现的众多的复杂病因中,遗传因素,尤其是染色体异常,是公认的最为常见的自然流产诱发因素。本文拟从对流产绒毛直接进... 展开背景与目的：自然流产是妇产科的一种常见病,其发生率约占临床妊娠的10～0％,且近年来还呈现出逐渐上升的趋势。在迄今为止所发现的众多的复杂病因中,遗传因素,尤其是染色体异常,是公认的最为常见的自然流产诱发因素。本文拟从对流产绒毛直接进行X染色体失活调查入手,研发基于STR(short tandem repeat)位点的以DHPLC(denature high performance liquidchromatography,变性高效液相色谱)为技术平台的X染色体失活诊断体系,查明自然流产中女性绒毛的X染色体失活情况,并同时结合调查母体体细胞(外周血)的X染色体失活情况,综合分析和探讨女性胚胎自然流产高发的发生机制。我们设想,由于异常的X染色体失活造成的自然流产,有三种可能:(1)母体X失活正常,但绒毛X失活异常,如母源性X染色体出现失活或父源性X染色体未完全失活,引起流产。(2)绒毛X失活正常,但母体X失活异常,且将高失活的X染色体传递给绒毛,引起流产。(3)绒毛和母体X失活均异常,引起流产。X染色体失活正常则存在两种可能:(1)绒毛X失活正常,母体X失活异常,但将高活性的X染色体传递给了绒毛；(2)绒毛和母体X失活均正常。材料与方法： 1.样品的选择及标准:本研究选取167个早期自然流产家系,包括绒毛标本及父母双方外周血,要求8～11孕周,B超提示胚胎停止发育,孕妇年龄为30.84±5.28(21～43岁)及116个早期人工流产家系,包括绒毛标本及母亲外周血,要求8～11孕周,孕妇年龄为29.60±4.47(23～48岁),排除免疫、感染、外伤等影响因素,行清宫术时予以无菌收集。 2.自然流产及人工流产绒毛染色体核型分析:采用绒毛细胞培养法或绒毛细胞直接制备法获取绒毛细胞染色体,进行G显带核型分析,用于发现自然流产最常见的诱发因素——染色体数目和结构异常,并确定胚胎性别,为下一步的研究提供分组依据。 3.X染色体失活DHPLC诊断体系的建立: (1)特异性STR位点选择及PCR引物设计。选用位于X染色体q11-12的雄激素受体(human androgen receptor,AR)基因第一外显子的一个三碱基(CAG)STR位点,重复次数为8～31次,杂合度为88.8％,进行引物设计,PCR扩增,片段长度约为200～300bp。 (2)所选STR位点的实际杂合度的检测及统计。对422例女性标本,排除染色体核型异常后,进行基因组DNA抽提,PCR扩增,将PCR产物在DHPLC非变性条件下(50℃)进行检测,统计每个位点的杂合峰个数,计算实际杂合度。实际杂合度=STR位点为杂合峰的个数／总样本个数。 (3)甲基化敏感性限制性内切酶消化及内参基因的设置。用HpaII对基因组DNA进行酶切,并使用MIC2基因作为内参基因以判断酶切效果。 (4)双重PCR／DHPLC检测方法的建立。针对STR及MIC2基因位点建立双重PCR体系,扩增酶切前、后的DNA标本,在DHPLC非变性条件下,根据PCR产物片段长度及STR位点碱基数优化洗脱梯度。 (5)聚丙烯酰胺凝胶电泳和测序:选取2例样本进行测序分析,选取1个家系进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,用于检验非变性条件下DHPLC的灵敏度。 4.自然流产妇女体细胞X染色体失活与自然流产关系的研究:对165例自然流产妇女以及106例人工流产妇女,进行基因组DNA抽提,HpaⅡ消化,采用上述的双重PCR／DHPLC进行X染色体失活检测。结果采用失活比例(d1／u1)／(d1／u1+d2／u2)(d表示消化过的峰高,u表示未消化时的峰高)进行计算,分别以失活比例>70％和失活比例>90％作为判断SXCI的标准。 5.自然流产性别特异性胚胎淘汰与X染色体失活关系的家系研究:对105个自然流产女性胚胎家系(包括绒毛与双亲外周血,其中53个绒毛为正常核型,52个绒毛为异常核型)和53个人工流产正常女性核型家系(包括绒毛与母亲外周血),进行基因组DNA抽提,HpaⅡ消化,双重PCR／DHPLC进行X染色体失活检测。绒毛SXCI判断标准:酶切后PCR扩增产物如仍有母源的峰(失活X染色体)即为绒毛SXCI。母亲SXCI判断标准:采用失活比例>70％为失活偏移标准。结果与讨论：在167例自然流产绒毛中,培养成功165例,成功率98.8％。检测出染色体核型异常例数88例,异常率为53.3％(其中男性异常率60.0％,女性异常率49.5％),异常率与文献报道相符。这一结果提示了对早期自然流产绒毛进行染色体核型分析的重要性,如果能对染色体异常的流产胚胎进行明确判断,将能对至少50％以上的早期自然流产夫妇进行病因诊断,使其免除其他无谓的检查,并得到针对性的明确的生育指导。通过核型分析,还证实了自然流产胚胎男女比例偏移,本研究培养成功的165例自然流产绒毛中,男性胚胎60例,女性胚胎105例,男女性别比例为1:1.8。116例人工流产绒毛标本中,可进行核型分析的标本106例,其中男性胚胎53例,女性胚胎53例,男女比例为1:1。自然流产组与人工流产组流产胚胎性别比例存在统计学差异(P=0.026)。使用自行设计的引物,对AR基因上的STR位点进行检测的结果显示,422例标本中,该位点为杂合子的标本346例,实际杂合度为82.0％,略低于文献报道的88.8％。而MIC2基因作为内参基因有助于判断酶切是否完全,经过抽样测序分析和聚丙烯酰胺凝胶电泳的双重验证,证实所建立的双重PCR／DHPLC的检测效果完全符合理想,是一种相对简单、敏感、可靠与经济的检测技术体系,适合下一步的研究和临床应用需要。自然流产妇女体细胞SXCI与自然流产是否存在关联,在以往的文献中结论不一。本研究中,165例自然流产妇女平均年龄30.84±5.28(21～43岁),106例人工流产妇女平均年龄29.60±4.47(23～48岁),两组年龄差异无统计学意义(P=0.077),且两组均为8～11孕周。检测结果显示,采用>70％的标准时,21.9％(30／137)的自然流产与12.8％(11／86)的人工流产妇女为SXCI；采用更为严格的>90％标准时,8.0％(10／137)的自然流产与2.3％(2／86)的人工流产妇女为SXCI。上述两种情况下,两组间的SXCI发生率均无统计学差异(P=0.087及p=0.195),只依据妇女体细胞SXCI指标无法得到妇女SXCI与自然流产相关的结论。同时,在自然流产SXCI妇女相应的胚胎中,女性胚胎占80.0％(24／30),而非SXCI妇女中,流产女性胚胎占54.2％(58／107),两组存在统计学差异(P=0.011),即妇女SXCI与胚胎特异性性别淘汰相关联,当母亲发生SXCI时,更易淘汰女性胚胎。同时,SXCI妇女的流产胚胎中三体型的比例(50.0％,15／30),高于非SXCI妇女(30.0％,32／107),P=0.040,提示妇女SXCI与三体的发生和流产之间可能存在某种联系。在针对自然流产正常女性核型家系、自然流产异常女性核型家系以及人工流产正常女性核型家系所进行的x染色体失活检测结果显示:53个自然流产正常女性核型家系中,40个能区分X染色体来源,而且85.0％(34／40)存在x染色体失活异常(包括28个为绒毛异常、4个为绒毛与母体均异常、2个为母体异常且传递给绒毛)；52个自然流产异常女性核型家系中,36个能区分x染色体来源,83.3％(30／36)存在x染色体失活异常(包括19个为绒毛异常、6个为绒毛与母体均异常、5个为母体异常且传递给绒毛)；而53个人工流产女性正常核型家系中,41个能区分X染色体来源,而X染色体失活异常的比例仅为39.0%(16／41),而且其中15例为绒毛异常,仅1例为母体异常传递给绒毛。上述结果经统计学分析,显示自然流产正常与异常女性核型组的X失活异常率无统计学差异(P>0.0125),但此二组的X失活异常率均明显高于人工流产正常女性核型组(P值分别<0.00313),说明女性胚胎自然流产与X染色体失活异常,尤其是绒毛X染色体失活异常密切相关,而且x染色体失活有可能是独立于染色体异常之外的一种自然流产发病因素,其发生不受染色体正常与否所影响。结论：早期自然流产中存在着女性胚胎特异性淘汰现象,而X染色体失活是女性胚胎发育早期的重要事件。通过综合比较自然流产与人工流产绒毛及流产妇女外周血x染色体失活情况,本研究发现女性胚胎自然流产与X染色体失活,尤其是绒毛x染色体失活异常密切相关,而且X染色体失活异常很可能是独立于染色体异常之外的一种自然流产发病因素。而妇女SXCI是否与女性胚胎自然流产相关联,取决于所下传的X染色体,将高失活X染色体传递给胚胎是造成女性胚胎自然流产的重要因为,也是SXCI妇女高发女性胚胎淘汰的因为所在。同时,妇女SXCI与三体的形成之间可能存在某种联系,SXCI妇女的流产胚胎中三体型的比例显著增高。此外,本研究所建立的X染色体失活DHPLC诊断方法具有灵敏度高、快速、简便、经济等特点,适合在临床中应用于女性胚胎自然流产的病因查找,可为85％左右的女性胚胎自然流产的发生找到发病的根本因为。进一步深入探索并揭开女性胚胎发生X染色体失活异常的相关机制将具有重要的研究价值和临床意义。收起

关键词 : 自然流产性别特异性淘汰 X染色体失活

5. X染色体逃脱失活的人群中的差异以及程度的不同

[学位论文] 张宇超中国科学院大学 2013年硕士导师: 胡兰靛共54页

摘要 : 背景:女性有两条X染色体，而男性只有一条，为了保持计量平衡，女性的一条X染色体会失活。但并不是所有的X染色体基因都会失活，有15％的基因会逃脱失活。这些基因可以作为研究在多聚X染色体核型中表型畸变的候选基因。目前，关于人的逃脱基因的系统研... 展开

关键词 : X染色体逃脱失活智力障碍表型畸变候选基因

6. 肾透时细胞癌多中心病灶克隆起源的X染色体失活类型研究

[学位论文] 王一明大连医科大学 2010年硕士导师: 李朱林共42页

摘要 : 目的:肾癌的保肾手术(NNS)已经在国内外广泛开展。多中心病灶是造成保肾手术术后局部复发的重要因素之一,仍存在一定的复发率目前,在本实验小组的前期研究中已证明肾透明细胞癌(clear cellcarcinoma,cc-RCC)为单克隆肿瘤,而在女性患者中,检测肿瘤克隆... 展开

关键词 : X染色体失活类型多中心灶肾癌保肾手术

7. AFF3在X染色体失活中的作用及机制探究

[学位论文] 张悦东南大学 2020年博士导师: 林承棋共150页

摘要 : X染色体失活（X Chromosome Inactivation，XCI）和基因组印记是引起单等位基因表达的两种经典表观遗传调控过程。在雌性哺乳动物中，长链非编码RNA XIST的单等位基因表达对于分化后X染色体失活的起始是必要的。XIST RNA仅从无活性的X染色体表达，并在... 展开 X染色体失活（X Chromosome Inactivation，XCI）和基因组印记是引起单等位基因表达的两种经典表观遗传调控过程。在雌性哺乳动物中，长链非编码RNA XIST的单等位基因表达对于分化后X染色体失活的起始是必要的。XIST RNA仅从无活性的X染色体表达，并在X染色体上顺式积累，以诱导染色体范围内的转录沉默。超级延伸复合物（Super Elongation Complex，SEC），由ELL家族蛋白ELL1/2/3，AF4/FMR2家族蛋白AFF1/4，ENL，AF9和PolⅡ延伸因子P-TEFb组成。同时还存在SEC类似物即SEC类似复合物2（Super Elongation Complex-like2，SEC-L2），SEC类似复合物3（Super Elongation Complex-like3，SEC-L3），其支架蛋白分别是AFF2和AFF3。研究显示不同复合物间存在功能基因靶标特异性，SEC主要在白血病、艾滋病等发挥作用。SEC-L2与乳腺癌、自闭症相关；而SEC-L3影响自身免疫性疾病的发生与发展。近年来的研究表明：AFF3是SEC-L3中的核心组分，其以等位基因特异性的方式调控印记基因的表达。一方面通过DNA甲基化机制和KAP1-H3K9甲基化机制结合在印记基因的差异甲基化区域，另一方面通过锌指蛋白ZFP281结合至增强子区域促进基因的表达。但是，尚不清楚其是否可以调节XIST基因的表达进而影响X染色体失活。在这里，首先分析了前期发表的RNA-Seq数据，其显示由shRNA介导的AFF3敲低后，XIST的表达上调。为了进一步验证这种现象，在IMR-90中使用另外两种shRNA敲低AFF3后进行了实时定量PCR分析。数据表明敲低AFF3会导致XIST失活等位基因的去抑制。并且如RNA FISH所示，一小部分细胞显示出额外的一个XIST RNA cloud。ENL和AF9，作为SEC-L3的其他组分，XIST的沉默也需要它们。此外，染色质免疫沉淀（ChIP-qPCR）和ChIP-seq显示，AFF3与XIST启动子下游的DMR结合。结合DNA甲基化免疫沉淀（MeDIP）和亚硫酸氢测序，发现AFF3与XIST DMR的结合依赖于DNA甲基化，并且还调节DMR区域的DNA甲基化水平。但是，发现在这些细胞中维持XIST的单等位基因表达时，KAP1-H3K9甲基化机制不是必需的。因此，我们的结果表明，XIST DMR和gDMR的调控均需要AFF3和DNA甲基化，但调控机制具有差异性。收起

关键词 : X染色体失活 AFF3蛋白 DNA甲基化基因表达

8. X染色体失活偏移（SXCI）与乳腺癌发生的关系及雄激素受体表达在乳腺癌中的意义

[学位论文] 李兰北京协和医学院(中国医学科学院) 2010年博士导师: 苏勤;杨红鹰共73页

摘要 : 目的：此前本研究组对401例中国北方健康女性个体及肺癌、食管癌患者外周血细胞的检测结果显示，X染色体失活偏移（skewed X chromosome inactivation，SXCI）在健康新生儿及年轻女性中的发生率很低，在老年人比较常见，并与肺癌和食管癌的易感... 展开目的：此前本研究组对401例中国北方健康女性个体及肺癌、食管癌患者外周血细胞的检测结果显示，X染色体失活偏移（skewed X chromosome inactivation，SXCI）在健康新生儿及年轻女性中的发生率很低，在老年人比较常见，并与肺癌和食管癌的易感性有关。本研究拟检测乳腺癌患者外周血细胞SXCI的发生情况，以确定SXCI与乳腺癌发生的关系，并检测乳腺癌组织中AR的表达情况，探讨其表达的意义。方法：选取2007年10月至2008年4月间因“乳腺肿物”前来中国医学科学院肿瘤医院就诊的患者206例，提取其外周血细胞DNA进行SXCI的检测。以校正比值（corrected ratio，CR）≥3和CR≥10两种标准分别计算SXCI的发生率。将病理证实为乳腺癌的患者按照不同年龄段进行分组，比较其与相应健康对照组的SXCI发生率，探讨SXCI与乳腺癌发生的关系。同时，复阅上述患者的肿瘤组织HE切片，择取有代表性的蜡块制作组织芯片并进行AR抗体的免疫组织化学染色，观察AR在浸润性导管癌（infiltrating ductal carcinoma，IDC）和导管原位癌（ductalcarcinoma in siru，DCIS）中的表达情况及其与临床病理指标的相关性。另外，对组织芯片切片进行CK5/6、CK14、EGFR和E-cadherin抗体的免疫组织化学染色，观察它们及AR在三阴性乳腺癌（triple negative breast carcinoma，TNBC）中的表达情况并分析其意义。结果： 154例有信息的乳腺癌患者外周血细胞标本中，CR≥3者52例（34％），CR≥10者23例（15％），而310例相同年龄段的健康女性中，CR≥3者50例（16％），CR≥10者18例（6％）。无论采用CR≥3或CR≥10作为SXCI的标准，乳腺癌患者外周血细胞SXCI发生率均高于健康对照（P值分别为0.000和0.002）。在33例年轻（≤40岁）乳腺癌患者的外周血细胞标本中，CR≥3者12例（36％），CR≥10者5例（15％），而相应年龄段120例健康女性中，CR≥3者7例（6％），CR≥10者1例（1％），无论采用CR≥3或CR≥10作为SXCI的标准，年轻乳腺癌患者外周血细胞SXCI发生率均高于健康对照（P值分别为0.000和0.002）。而在40岁以上的患者中，SXCI发生率在患者组与对照组中的差别较小，当采用CRl>3的标准时，患者组SXCI的发生率为33％（40/121），对照组为23％（43/190），差别有统计学意义（P=0.043），而当采用CR≥10的标准时，患者组为15％（18/121），对照组为9％（17/191），差别无统计学意义（P=0.107）。在156例IDC中，109例呈AR阳性（70％），AR阳性表达与癌组织ER阳性（P=0.001）和PR阳性（P=0.000）明显相关，其表达缺失与患者年龄≤40岁（P=0.038）、肿瘤呈高级别相关（P=0.015）。AR的表达与肿瘤大小（以2cm、5cm为界分为3个级别）、淋巴结转移情况（按0、1～3+、4～9+和≥10+分为四个级别）及HER2产物表达状况无关（P值均>0.05）。在45例DCIS中，AR阳性率为84％（38/45），与DCIS的级别无关（P=0.251）。在IDC伴有DCIS的病例中，92％（22/24）的IDC与伴随的DCIS AR的表达情况一致。 AR在TNBC中的阳性率为29％（4/14），明显低于在非TNBC中的表达（74％，105/142；P=0.001）。E-cadherin、CK5/6、CK14及EGFR在TNBC与非TNBC中的表达无明显差异（P值均>0.05）。在年轻（≤40岁）乳腺癌患者中，以CR≥3作为判断SXCI的标准时，AR阴性病例中SXCI的发生率为62％（8/13），明显高于AR阳性病例（23％，3/13）（P=0.047）。结论： 1.乳腺癌患者外周血细胞的SXCI的发生率较健康对照明显升高，且这种升高在年轻（≤40岁）乳腺癌患者中更明显，提示SXCI与乳腺癌、特别是年轻乳腺癌的发生相关。这意味着发生SXCI的年轻女性罹患乳腺癌的危险性升高。 2.在IDC中，AR阳性表达与ER、PR阳性明显相关。AR表达缺失与患者年龄轻（≤40岁）、肿瘤的组织学分级高以及受体（ER、PR、HER2）三阴性明显相关。这提示AR的表达缺失在乳腺癌、特别是年轻乳腺癌发生发展过程中可能具有重要意义。在DCIS中，AR的表达与其级别无关；伴有DCIS的IDC，其浸润成份与原位成份AR表达情况一致。这说明AR在DCIS发展为IDC的过程中，其表达保持相对稳定。 3.年轻（≤40岁）乳腺癌患者外周血细胞SXCI与癌组织中AR表达缺失相关。收起

关键词 : X染色体失活偏移雄激素受体乳腺癌

9. 兔Xist基因启动子P1区域对X染色体失活的影响

[学位论文] 姚冰吉林大学 2020年硕士导师: 赖良学共70页

摘要 : 在哺乳动物体内，X染色体失活（X-chromosome inactivation，XCI）是用于补偿两性之间X染色体数目不同的重要过程。该过程主要是由位于X染色体失活中心（X-inactive certre，Xic）的Xist基因引发的。Xist基因是一种长链非编码RNA，在人类细胞内可转录... 展开在哺乳动物体内，X染色体失活（X-chromosome inactivation，XCI）是用于补偿两性之间X染色体数目不同的重要过程。该过程主要是由位于X染色体失活中心（X-inactive certre，Xic）的Xist基因引发的。Xist基因是一种长链非编码RNA，在人类细胞内可转录约17kb。转录产物Xist RNA顺势覆盖至X染色体上，通过和互作蛋白结合，招募多梳蛋白抑制复合体（PRC1/PRC2），蛋白复合体会招募甲基化、泛素化、乙酰化等修饰物，修饰X连锁基因启动子CpG区域，使得X染色体上大部分连锁基因沉默，从而达到X染色体失活的状态。X染色体失活失效或Xist RNA的异常表达会引起胚胎致死、癌症等疾病，这一现象表明Xist基因在哺乳动物胚胎发育与个体生长过程中扮演着重要的角色。人类XIST基因位于Xq13.3的X染色体失活中心区域内，包含6个重复区域：Repeat A，Repeat B，Repeat C，Repeat D，Repeat E和Repeat F。除此之外，Xist基因5’端具有一个最小启动子（minimal promoter，P1），在不同物种中P1序列具有高度保守性。目前人细胞水平的研究结果已表明，该启动子与常见转录因子SP1、YY1和TBP绑定，使最小启动子（Xist P1）获得激活Xist基因表达的能力。在X染色体失活之前，两条X染色体上的Xist基因在最小启动子（Xist P1）的作用下表达转录，并在之后进入一条X染色体Xist基因抑制而X染色体表达的状态，但是最小启动子（Xist P1）在动物水平的研究仍处于空白状态。 X染色体失活的模式，在不同物种之间略有不同。对于小鼠而言，首先发生在四细胞-八细胞期间，父系X染色体（Paternal X Chromosome，Xp）印记性X染色体失活（Imprinted X-chromosome inactivation,iXCI）。直至桑椹胚-囊胚期，内细胞团（ICM）细胞中失活的X染色体被“激活”，之后内细胞团的父系X染色体或母系X染色体发生随机失活。而在人类细胞中X染色体失活机制具体模式如下：在人胚胎早期，不会发生印记性X染色体失活。直至在囊胚后期，人胚胎内出现父系X染色体或母系X染色体的随机X染色体失活（Random X-chromosome inactivation,rXCI）。兔X染色体失活模式是同人一致的随机X染色体失活，小鼠与人类的X染色体失活模式不一致，因此限制了小鼠作为动物模型用于研究人Xist基因。兔作为经典的模型动物，其生理结构与人类更为相似，并妊娠周期短、饲养费用低。此外，在本实验中兔与人X染色体失活模式一致，皆为随机X染色体失活，并且Xist P1序列高度保守，兔成为理想的动物模型，用以理解和研究人X染色体失活机制以及相关疾病。因此，本研究利用CRISPR-Cas9技术构建Xist P1基因敲除兔模型。本研究中，我们成功获得了Xist P1基因敲除兔模型，并且经过检测未出现脱靶现象。通过实时荧光定量PCR（RT-qPCR）与转录组测序（RNA-seq）对Xist RNA表达量和X连锁基因表达量进行检测，结果发现：Xist P1基因敲除兔Xist RNA表达量正常，X连锁基因表达量具有上调和下调的变化。随后，通过对X连锁基因与常染色体基因表达量的整体水平进行比对，结果表明X连锁基因整体水平正常，且X染色体失活现象正常发生。最后，通过RNA分子原位杂交检测Xist RNA定位，结果表明Xist P1基因敲除兔Xist RNA定位未受到影响。综上所述，本研究是首次报道用兔作为动物模型来研究Xist P1的功能，并且成功构建出Xist P1敲除动物。结果表明，Xist P1不调控X染色体失活，这与先前文献报道的在细胞水平中，Xist P1具有激活Xist基因表达功能的结论不一致。我们获得的Xist P1敲除动物相对于细胞而言更接近于人体内X染色体失活机制，因此我们的这一结果为Xist功能的探索提供了新思路，Xist作用的研究提供了新视野。收起

关键词 : 兔 Xist基因基因启动子 P1区域 X染色体失活

10. 度量X染色体偏倚失活程度的贝叶斯估计方法研究

[学位论文] 余雯薏南方医科大学 2022年硕士导师: 周基元共176页

摘要 : 背景: X染色体失活是指女性两条X染色体中的一条在胚胎发育早期中被转录沉默的表观遗传学现象。由于X染色体偏倚失活与一些X伴性遗传病有关，所以度量其偏倚失活程度是非常有必要的。目前，已有学者提出了几种度量X染色体偏倚失活程度的点估计和... 展开背景: X染色体失活是指女性两条X染色体中的一条在胚胎发育早期中被转录沉默的表观遗传学现象。由于X染色体偏倚失活与一些X伴性遗传病有关，所以度量其偏倚失活程度是非常有必要的。目前，已有学者提出了几种度量X染色体偏倚失活程度的点估计和区间估计方法。然而，这些方法仍然存在局限性。目的: 由于现有的点估计和区间估计方法无法考虑X染色体偏倚失活程度的估计值应在0到2之间的这一先验信息，本研究将提出一种贝叶斯方法，通过整合该先验信息来获取X染色体偏倚失活程度的点估计及其可信区间。另外，本研究基于惩罚Fieller(PF)法将提出惩罚点估计，并用PF法得到其相应的置信区间，以改进现有的点估计以及Fieller法。方法: 在贝叶斯方法中，本研究考虑了两个X染色体偏倚失活程度的先验分布，分别是正态分布和均匀分布(分别用BN法和BU法表示)。在PF法中，本研究通过惩罚比值估计的分母方差并相应地校正分子来获得惩罚点估计，并用PF法推导出其置信区间。为了评估BN、BU、PF和Fieller法的统计性能，本研究进行了广泛的模拟研究。另外，本研究将这四种方法运用到Graves疾病数据与美国明尼苏达州双胞胎和家庭研究中心数据上，以做进一步的比较。结果: 模拟结果表明，BN法和BU法能够解决现有方法存在的极端点估计、无信息区间、空集和间断区间的问题。点估计方面，在所有模拟背景下，BN和BU点估计的均方误差均能比Fieller法与PF法低0.01至0.30左右，其中BN点估计的均方误差最低;区间估计方面，在绝大部分模拟背景下，BN法区间宽度的均数、中位数、标准差和四分位间距最小。此外，BN法能很好地将其覆盖率控制在95％左右，而PF法和Fieller法在样本量较小或次等位基因频率较低时不能控制其覆盖率，Fieller法的覆盖率可能低于90％，PF法的覆盖率甚至可能低于85％。基于Graves疾病合并数据集的分析中，rs3827440位点上的BN、BU、PF和Fieller点估计分别为1.3693、1.3770、1.3724和1.3727，对应的区间分别为(1.0206，1.7134)、(1.0272，1.7368)、(1.0280，1.7184)和(1.0277，1.7195)。该结果表明，rs3827440位点上可能发生了向等位基因C偏倚的X染色体偏倚失活现象。而在美国明尼苏达州双胞胎和家庭研究中心数据的分析中，所有致病位点的区间估计都表明在这些位点上可能发生了随机失活或逃逸失活现象。结论: 综上所述，本研究推荐使用BN法来度量X染色体偏倚失活的程度，因为BN法不仅可以避免获得极端点估计、无信息区间、空集或间断区间，还能在所有模拟情况中提供最优的点估计和区间估计。本研究所使用的代码可见GitHub中的R包BEXCIS，该R包可以在https://github.com/Wen-YiYu/BEXCIS上公开获取。收起

关键词 : X染色体偏倚失活贝叶斯方法惩罚Fieller法 Graves疾病