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国家工程技术图书馆
2022年11月29日
摘要: 背景及目的: 丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activatedproteinkinase1,MAPK1)在胃癌(gastriccancer,GC)组织中的表达量明显升高,并在GC发生发展过程中起着重要调控作用。据报道,MAPK1不仅可作为激酶去磷酸化激活相关基因和信号通路,同时也可作... 展开 背景及目的: 丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activatedproteinkinase1,MAPK1)在胃癌(gastriccancer,GC)组织中的表达量明显升高,并在GC发生发展过程中起着重要调控作用。据报道,MAPK1不仅可作为激酶去磷酸化激活相关基因和信号通路,同时也可作为转录因子直接结合基因的启动子区调控基因的转录并影响蛋白水平。现有研究多关注MAPK1作为激酶可以促进GC的迁移和侵袭,而其作为转录调控因子是否与肿瘤转移相关尚不清楚。为此,本研究拟对MAPK1作为转录调控因子在GC侵袭及转移过程中的转录调控机制进行深入研究,揭示MAPK1在癌症中新的功能机制,为开发联合药物抑制MAPK1功能和治疗GC提供新思路和理论依据。 方法: (1)构建MAPK1过表达的AGS细胞模型,接着通过transwell实验评估MAPK1过表达组、阴性对照组和空白对照组细胞的迁移和侵袭能力。 (2)构建MAPK1敲低的AGS细胞模型,提取MAPK1敲低组和对照组细胞的mRNA进行建库和测序,即转录组测序技术(RNA-sequencing,RNA-seq)。并通过生物信息学方法分析MAPK1调控的转录水平靶基因和功能通路。 (3)交联裂解AGS细胞,接着进行染色质免疫共沉淀捕获AGS细胞中MAPK1-DNA复合物,消解蛋白质提取DNA进行建库和测序,即染色质免疫共沉淀结合高通量测序技术(Chromatinimmunoprecipitationandhigh-throughputsequencing,ChIP-seq)。并通过生物信息学方法分析MAPK1转录调控结合的靶基因和分子机制。 (4)整合分析上述RNA-seq和ChIP-seq数据,揭示MAPK1转录调控靶基因的分子机制。 结果: (1)与阴性对照组和空白对照组相比,MAPK1过表达组中迁移和侵袭的AGS细胞数量明显增加。 (2)分析RNA-seq数据,本研究在MAPK1敲低后共获得111个差异表达基因(differentiallyexpressedgenes,DEGs),其中有80个基因的表达量显著降低。这80个基因主要参与细胞凋亡、正调控细胞增殖和基因表达等生物学过程。 (3)分析ChIP-seq数据,本研究共鉴定出MAPK1结合峰92898个,MAPK1结合基因6493个。且MAPK1在基因的转录起始位点(transcriptionstartsite,TSS)附近有显著富集。 (4)通过对RNA-seq和ChIP-seq数据进行重叠分析,本研究共获得8个MAPK1靶基因。其中KRT13、KRT6A、KRT81、MYH15、STARD4、SYTL4和TMEM267基因的表达量在MAPK1敲低后显著下降,FGG基因表达量在MAPK1敲低后显著增加。有3个基因(KRT81、KRT6A和KRT13)已被证明与癌转移、迁移相关。获得的数据显示,MAPK1可结合KRT81、KRT6A和KRT13的启动子区域,并且MAPK1的敲低导致这3个基因的表达量显著降低。 结论: (1)MAPK1可促进GC的迁移和侵袭。 (2)MAPK1可作为双功能转录因子与基因的启动子区域结合,从而广泛地与基因相互作用。 (3)MAPK1可能通过结合KRT81、KRT6A和KRT13的启动子区域上调它们表达,进而促进GC的迁移和侵袭。 收起
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