摘要: 内参基因一般用在实时定量 PCR中，作为一个标准化的参照基因。qRT-PCR因其具有快速、灵敏和定量的特点，已经成为基因表达水平分析的常用手段，但是试验过程因为RNA的质量和数量、cDNA合成效率以及PCR扩增的差异而导致结果出现实验偏差。而目前，菜心... 展开 内参基因一般用在实时定量 PCR中，作为一个标准化的参照基因。qRT-PCR因其具有快速、灵敏和定量的特点，已经成为基因表达水平分析的常用手段，但是试验过程因为RNA的质量和数量、cDNA合成效率以及PCR扩增的差异而导致结果出现实验偏差。而目前，菜心上还没有完全建立起一个理想的内参基因系统作为目标基因表达量的参照对象，从而很容易导致实验偏差。同时，最近一些研究表明，在不同生理状态下和不同细胞类型中传统的管家基因并不是表达恒定不变的，使传统的管家基因作为分子生物学实时荧光定量研究中内参基因的功能备受质疑。本研究以拟南芥已发表的、菜心转录组数据、近缘物种为参照选取出17种候选内参基因，利用GeNorm， BesstKeeper和NormFinder三种软件分析候选内参基因的表达稳定性，力求寻找一些在任何条件下都表达稳定的基因及组合，结果有以下： 1.在对照组（CK）中，GeNorm分析结果显示：“69天”、“80天”两品种最稳定三个基因均为PP2AA3、ACT8、CYP2；BesstKeeper分析结果显示：“69天”品种最稳定三个基因为PP2AA3、18S-RNA、PP2A-1；“80天”品种为PP2AA3、18S-RNA、DNAJ；NormFinder分析结果显示：“69天”、“80天”两品种最稳定三个基因均为PP2AA3、CYP2、ACT8，综上三个软件得出最稳定的基因为PP2AA3、CYP2、Act8。 2.在氨硝配比（1:3）中，通过GeNorm分析得出“69天”、“80天”稳定性最好的三个基因均为PP2AA3、CYP2、ACT8；通过NormFinder分析也得出“69天”、“80天”稳定性最好的三个基因分别为 PP2A-1、PP2AA3、CYP2；通过 BestKeeper分析得出“69天”稳定性最好的三个基因分别为PP2AA3、18S RNA、ACT3，“80天”稳定性最好的三个基因分别为PP2A-1、PP2AA3、Tubulin，综上三个软件得出最稳定的基因为PP2AA3、CYP2、Act8。 3.在低温处理中，通过GeNorm分析得出“69天”稳定性最好的三个基因分别为ACT2、ACT7、PP2AA3；“80天”稳定性最好的三个基因分别为PP2A-1、PP2AA3、GAPDH；通过NormFinder分析也得出“69天”稳定性最好的三个基因分别为CYP2、ACT3、PP2AA3；“80天”稳定性最好的三个基因分别为PP2A-1、PP2AA3、GAPDH；通过 BestKeeper分析得出“69天”稳定性最好的三个基因分别为 ACT3、PP2AA3、18SRNA；“80天”稳定性最好的三个基因分别为PP2A-1、ACT3、PP2AA3，综上三个软件得出最稳定的基因为Act3、PP2AA3、PP2A-1。 4.在外源物质处理中，通过GeNorm分析得出“69天”稳定性最好的三个基因分别为PP2A-1、PP2AA3、CYP2；“80天”稳定性最好的三个基因分别为GAPDH、18SRNA、ACT2；通过NormFinder分析也得出“69天”稳定性最好的三个基因分别为PP2A-1、PP2AA3、CYP2；“80天”稳定性最好的三个基因分别为GAPDH、18SRNA、ACT2；通过BestKeeper分析得出“69天”稳定性最好的三个基因分别为PP2AA3、EF-TU、UBQ10；“80天”稳定性最好的三四基因分别为DNAJ、18SRNA、GAPDH，综上三个软件得出最稳定的基因为PP2AA3、GAPDH、PP2A-1、CYP2。 5.在遮光黑暗中，通过GeNorm分析得出“69天”“80天”稳定性最好的三个基因分别为CYP2、GAPDH、PP2AA3；“80天”稳定性最好的三个基因分别为CYP2、GAPDH、PP2AA3；通过 NormFinder分析也得出“69天”稳定性最好的三个基因分别为CYP2、PP2AA3、PP2A-1；“80天”稳定性最好的三个基因分别为CYP2、ACT8、GAPDH；通过BestKeeper分析得出“69天”稳定性最好的三个基因分别为PP2AA-1、18SRNA、ACT7；“80天”稳定性最好的三个基因分别为Tubulin、EF-TU、PP2AA3，综上三个软件得出最稳定的基因为CYP2、GAPDH、ACT8。 收起