中国科学技术信息研究所--国家工程技术数字图书馆

[学位论文] 陈晓岚中国科学院上海生命科学研究院 2005年博士导师: 刘景根;池志强共110页

摘要 : 　　本文论述了慢性吗啡处理对脑内某些核团的蛋白质表达改变可能是阿片依赖的重要机制之一。鉴于海马在药物奖赏及觅药行为中的已知作用，我们对慢性吗啡是否改变了海马蛋白质表达以及这些蛋白质表达的改变对阿片依赖的影响进行了研究。蛋白质组研究... 展开

关键词 : 蛋白质组吗啡海马蛋白质组学纳曲酮阿片依赖

2. 人THP-1来源四种M2巨噬细胞亚型的蛋白质组和糖蛋白质组差异分析研究

[学位论文] 马晨西北大学 2021年硕士导师: 孙士生共92页

摘要 : 巨噬细胞是人体中分布广泛的先天性免疫细胞，能够识别和清除死亡细胞和病原体，协调损伤后的炎症和愈合过程，在组织稳态、免疫防御、病理过程中扮演着重要的角色。巨噬细胞具有高度的可塑性和异质性，不同的微环境和细胞因子诱导巨噬细胞极化为不同... 展开巨噬细胞是人体中分布广泛的先天性免疫细胞，能够识别和清除死亡细胞和病原体，协调损伤后的炎症和愈合过程，在组织稳态、免疫防御、病理过程中扮演着重要的角色。巨噬细胞具有高度的可塑性和异质性，不同的微环境和细胞因子诱导巨噬细胞极化为不同的表型。根据活化的途径广泛地分为两个不同的亚群：促炎的经典活化M1型巨噬细胞和抗炎的替代活化M2型巨噬细胞。M2型巨噬细胞根据激活分子的不同又分为M2a、M2b、M2c和M2d四种亚型。这些不同表型的巨噬细胞在炎症反应、免疫调节以及相关疾病中发挥的生物学功能具有差异性。目前，已经有研究对M1型和M2型巨噬细胞的蛋白质和糖基化修饰进行了详细的解析，但对M2巨噬细胞亚型的分子层面还缺乏研究，这是现阶段探索免疫机制中巨噬细胞的功能以及鉴定病理组织中巨噬细胞表型的障碍之一。因此，系统性地对M2巨噬细胞亚型的蛋白质组和糖蛋白质组进行表征，将有助于阐明它们的生物学功能，并提供潜在的标志物用于不同表型的鉴定，为巨噬细胞的可塑性、相关疾病以及免疫机制等方面的研究提供参考。在本课题中，使用人源THP-1细胞系作为模型，通过标准的极化流程产生M0、M1、M2a、M2b、M2c和M2d型巨噬细胞。通过蛋白质组学分析，在不同极化巨噬细胞中共定量了4910种蛋白质。通过分析四种M2巨噬细胞亚型中的差异蛋白，发现四种M2巨噬细胞亚型都具有应答和杀死细胞外病原体的能力，M2a和M2c在组织修复和纤维化中起着至关重要的作用，M2b和M2d主要涉及体液免疫、血管生成和造血功能等。此外，还通过靶向蛋白质组学技术验证了四种M2巨噬细胞亚型中共同或特异上调的蛋白，它们能够作为潜在标志物用于M2型巨噬细胞及其四种亚型的鉴定。糖蛋白质组学结果显示，在不同极化巨噬细胞中共定量了2303种完整N-糖肽，对四种M2巨噬细胞亚型中的差异糖肽进行分析，发现糖基化的类型具有偏向性，M2a和M2c型巨噬细胞中的高甘露型糖链占比更多，而M2b和M2d型巨噬细胞中的复杂型糖链占比更多。通过对差异蛋白质和糖蛋白进行疾病富集分析，发现四种M2巨噬细胞亚型富集的疾病类型相似度较高，主要涉及系统性红斑狼疮、多发性硬化症、扩张型心肌病等疾病，这提示四种M2巨噬细胞亚型可能通过特异的蛋白质表达或糖基化修饰影响同种疾病的病理变化。综上所述，本课题通过蛋白质组学和糖蛋白组学对四种M2巨噬细胞亚型进行了系统性的解析，阐明了它们的生物学功能，有助于研究巨噬细胞在免疫调节机制中发挥的功能，并提供了一系列可能的候选标志物用于不同M2巨噬细胞亚型的鉴定，为正常或病理组织中巨噬细胞表型的鉴定提供参考。此外，本课题首次对四种M2巨噬细胞亚型的糖蛋白质组进行了研究，为巨噬细胞糖基化相关研究奠定基础。最后，本文中提供的结论与数据不仅为进一步研究巨噬细胞的可塑性提供重要线索，还将为巨噬细胞相关疾病的诊断和治疗提供潜在的研究方向和数据基础。收起

关键词 : M2巨噬细胞亚型蛋白质组糖蛋白质组差异性

3. 损伤与正常脊髓蛋白质组图谱的构建及其差异分析

[学位论文] 张世强华中科技大学 2001年博士导师: 罗永湘共88页

摘要 : 全文由两部分组成.第一部分,脊髓组织蛋白质组分析中双向电泳技术的初步建立与优化.目的:初步建立并优化用于脊髓组织蛋白质组分析的双向电泳技术,并提高其分辨率.结论:该实验采用三氯乙酸/丙酮法制备脊髓组织蛋白质样品,应用180mm预制线性固相pH梯度... 展开

关键词 : 脊髓蛋白质组双向电泳固相pH梯度差示蛋白蛋白质组图谱

4. 水稻藻浆期籽粒与胚乳发育的蛋白质组学分析

[学位论文] 许盛宝中国科学院研究生院 2008年博士导师: 王台共180页

摘要 : 籽粒的灌浆是将光合器官合成的有机物贮存在籽粒中的过程。这一过程直接决定了籽粒的产量及品质。先前研究表明灌浆籽粒中贮存物质的累积是各种代谢活动和细胞学过程协同作用的结果，但灌浆的分子机制目前还不是非常清楚。水稻是研究籽粒灌浆的优良模... 展开籽粒的灌浆是将光合器官合成的有机物贮存在籽粒中的过程。这一过程直接决定了籽粒的产量及品质。先前研究表明灌浆籽粒中贮存物质的累积是各种代谢活动和细胞学过程协同作用的结果，但灌浆的分子机制目前还不是非常清楚。水稻是研究籽粒灌浆的优良模式材料，不仅因为它是世界上最重要的淀粉食物来源，更重要的是其全基因组的测序完成为分子机制的研究带来极大的便利。我们对发育水稻籽粒的观察表明在开花后6天，籽粒就已完成了胚的分化和胚乳的细胞化；此后籽粒经历了一个显著的细胞增大过程，并在开花后12天左右达到成熟籽粒的大小；而籽粒的灌浆过程起始于开花后6天，这个过程一直持续到开花后20天。因此，我们将开花后6天到20天的籽粒分为8个连续的发育阶段进行动态的蛋白质组分析，396个蛋白点的表达在灌浆过程中发生了两倍以上变化。质谱鉴定得到的345个差异表达的蛋白划分为10个不同的功能类别。其中新陈代谢类(45%)和蛋白合成/终点(destination)类(20%)两个功能类别中就包括了大多数的差异表达蛋白，预示着这两类蛋白在籽粒发育中的重要性。蛋白功能群的表达分析显示与淀粉合成和乙醇发酵相关的蛋白在发育过程中大幅度的上调，而与碳代谢中心过程(糖酵解和三羧酸循环)相关蛋白呈现明显的下调趋势。大多数的功能类或(亚类)也呈现出下调的表达趋势，如细胞生长/分裂类，蛋白合成类，水解类，信号传导类和转录类。蛋白表达分析的结果表明蛋白的表达随籽粒的发育发生了显著的变化，这些变化与籽粒在不同阶段的发育和代谢过程密切相关并协调一致，是细胞从生长分裂过渡到以淀粉合成为中心的物质基础。同时也说明代谢重点由中心碳代谢向乙醇发酵的转变对于籽粒的发育和淀粉的合成与累积具有重要意义。籽粒发育的研究表明在长到成熟籽粒大小后(开花后12天)，籽粒的代谢集中到淀粉累积途径上，一直持续到进入脱水期(18天)，绝大多数淀粉合成相关蛋白在这期间到达表达的顶点。为了解淀粉累积关键时期淀粉合成关键部位(胚乳)的发育规律，我们进一步应用DIGE技术对这一淀粉累积关键时期(灌浆中后期，开花后12到18天)的蛋白表达特性进行分析。细胞学的观察发现胚乳在灌浆后期先后经历了过氧化氢的爆发、半透明胚乳的形成以及胚乳细胞死亡事件。相应的DIGE分析显示有321个蛋白点在胚乳的后期发育中发生了显著的表达变化。细胞学的观察结合DIGE分析显示胚乳的后期发育是一个典型的衰老过程：细胞结构的崩溃；氧化自由基的爆发；脱水干燥；蛋白、脂类和DNA由同化作用向异化作用的代谢转化。与代谢转化相伴随的细胞营养的重新分配是胚乳后期发育的一个显著过程。DIGE分析全面展示了参与营养重新分配相关蛋白在后期发育中的表达变化，为细胞学中观察到的有机物向淀粉的转化提供了清晰的蛋白水平的证据支持。在鉴定的差异表达蛋白中有2/3的蛋白是已知的对氧化电位变化敏感的蛋白，表明由H2O2爆发形成的氧化压力将引起氧化还原调控从而对胚乳的后期发育进行全面的影响。而其中与碳元素代谢相关的代谢途径中尤其富含氧化还原电位敏感的蛋白，表明后期的营养重新分配以及淀粉的累积受到氧化还原电位的紧密调控。另一方面，H2O2的爆发激发了胚乳中的抗氧化体系。由抗氧化蛋白(如thioredoxin、抗坏血酸和超氧化物歧化酶等)、氧化还原敏感蛋白、代谢中间产物以及glyoxalase构成的抗氧化体系在胚乳后期发育中协同作用调节氧化还原电位的变化，从而控制胚乳细胞衰老的节奏。另外，我们发现与RraA相关的转录本的调控在胚乳发育末期急剧上调，在调控的代谢途径、调控时间以及调控的部位与氧化还原调控相重叠，并且支持RraA活动有利于胚乳细胞对氧化压力的适应。所有这些结果表明内生的过氧化氢(或氧化自由基)在胚乳的后期发育和淀粉累积中起到核心的调控作用。收起

关键词 : 水稻籽粒灌浆种子蛋白质组学胚乳发育蛋白质组学氧化调控

5. 应用蛋白质组学技术发现结直肠癌相关的新型血液标志物

[学位论文] 陈翔汕头大学 2020年硕士导师: 焦晓阳共108页

摘要 : 背景结直肠癌(Colorectal Cancer，CRC)是严重危害人类健康的疾病之一，预防及筛查可有效降低CRC的发病率并提高患者的生存率。血液标志物作为高效的诊断及筛查指标，拥有侵入性低、检测效率高等优点，具有非常高的临床研究价值。而高通量、高精... 展开背景结直肠癌(Colorectal Cancer，CRC)是严重危害人类健康的疾病之一，预防及筛查可有效降低CRC的发病率并提高患者的生存率。血液标志物作为高效的诊断及筛查指标，拥有侵入性低、检测效率高等优点，具有非常高的临床研究价值。而高通量、高精度的蛋白质组学技术是发现新型血液标志物的重要工具。本研究将应用蛋白质组学探索适用于CRC早期诊断或预防筛查的血液标志物。方法 1、Meta分析：以“蛋白质组学、结直肠癌、血液标志物”等作为关键词在中国知网、Pubmed及WebofScience等数据库检索相关文献，并提取研究中应用蛋白质组学发现的标志物，通过Meta分析来评估标志物的诊断效能。 2、平行监测反应(Parallel Reaction Monitoring, PRM)：以16例结直肠腺瘤患者、107例CRC患者、25例健康志愿者为研究对象，使用靶向质谱PRM对Meta分析中诊断效能较好的20个蛋白标志物进行相对定量检测，观察这些蛋白在各分组血清中的表达差异。 3、丝氨酸蛋白酶抑制剂A1(Serpin Peptidase Inhibitor clade A member 1,SERPINA1)验证试验：以78例CRC患者及16例健康志愿者为研究对象，使用人SERPINA1酶联免疫吸附测定(ELISA)试剂盒检测血清样本，评估其针对CRC患者的诊断效率。结果经过Meta分析定量合成诊断效应指标，丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶4(Mammalian STE20-like protein kinase 1/Serine threonine kinase 4,MST1/STK4)、S100钙结合蛋白A9(S100 calcium-binding protein A9,S100A9)、基质金属蛋白酶抑制剂1(Tissue inhibitor of metalloproteinases 1,TIMP1)的敏感性分别为68%、72%、42%；特异性分别为78%、83%、88%。PRM试验结果显示，除MST1/STK4、S100A9、TIMP1外，还有SERPINA1、补体成分C9(Complement component C9，C9)、铜蓝蛋白(Ceruloplasmin，CP)、层粘连蛋白β-1(Lamininβ-1，LAMB1)，富亮氨酸α-2糖蛋白-1(Leucine-rich alpha-2-glycoprotein-1，LRG1)、细胞肿瘤抗原p53(Cellular tumor antigen p53，P53)、在结直肠腺瘤及CRC各期患者血清中有较高的表达变化倍数。在ELISA验证试验中，SERPINA1针对CRC诊断的敏感性、特异性、曲线下面积(Area Under the Curve， AUC)分别为65.3%、87.5%、0.875。SERPINA1联合癌胚抗原(Carcinoembryonic Antigen，CEA)、糖类抗原19-9(Carbohydrate Antigen 19–9，CA19-9)诊断CRC，敏感性、特异性、AUC分别提升至90.3%、93.7%、0.956。结论蛋白质组学技术在发现新的CRC标志物方面具有重要的临床意义。我们的研究结果显示，C9、CP、LAMB1、LRG1、P53、MST1/STK4、S100A9、TIMP1、SERPINA1等在结直肠腺瘤及CRC早期即出现高表达的蛋白是潜在的CRC早期诊断标志物。其中，SERPINA1针对CRC诊断的表现优异，与CEA、CA19-9作为诊断组合联合检测，还可进一步提升其诊断效能。收起

关键词 : 结直肠癌蛋白质组学血液标志物蛋白质组学技术

6. 亚细胞蛋白质组学研究的策略——大鼠肝组织线粒体蛋白质组学研究

[学位论文] 江晓胜中国科学院上海生命科学研究院 2005年博士导师: 曾嵘共202页

摘要 : 为高通量、高质量地确定线粒体蛋白质组成，本文分别采用减数蛋白质组学、比较蛋白质组学、多元化蛋白质组学和生物信息学预测软件联用等策略，比较分析不同纯度的大鼠肝组织线粒体。通过多维色谱串联质谱技术建立了目前最大的含227种大鼠蛋白质的... 展开

关键词 : 线粒体蛋白质组亚细胞蛋白质组学比较蛋白质组学多元化蛋白质组学磷酸化蛋白质糖基化蛋白质

7. 硒蛋白质组学及阿司匹林相关乙酰化蛋白质组学研究

[学位论文] 郭琳中国科学院大学 2018年博士导师: 张耀阳共163页

摘要 : 本论文第一部分针对硒蛋白质组展开研究。硒蛋白是指含有硒代半胱氨酸(Sec，selenocysteine)的一类蛋白质，硒代半胱氨酸具有很高的生物活性，因此硒蛋白在维持体内的氧化还原平衡方面发挥着重要功能。硒蛋白是非常特殊的一类蛋白质，它性质活泼，体内... 展开本论文第一部分针对硒蛋白质组展开研究。硒蛋白是指含有硒代半胱氨酸(Sec，selenocysteine)的一类蛋白质，硒代半胱氨酸具有很高的生物活性，因此硒蛋白在维持体内的氧化还原平衡方面发挥着重要功能。硒蛋白是非常特殊的一类蛋白质，它性质活泼，体内具有多种氧化还原形式，且它的生物合成途径非常特殊，它利用终止密码子UGA作为密码子，将Sec插入到蛋白中，其中，mRNA3'UTR区域的一段Sec插入序列(SECIS，selenocysteine insertion sequence)在其中发挥着重要作用。目前为止，人类中有25种硒蛋白，小鼠中有24种硒蛋白被报道。新的硒蛋白的发现多是利用生物信息学的方法，针对硒蛋白SECIS序列进行预测得到的。这些硒蛋白与许多疾病密切相关，例如糖尿病、癌症和神经退行性疾病等。硒蛋白具有如此重要的功能，但是其性质特殊，含量低，数量少，硒代半胱氨酸和半胱氨酸性质接近，目前尚缺乏有效的分析方法，尤其是没有高通量地对硒蛋白进行分析的方法，关于硒蛋白的功能研究以及新的硒蛋白的发现进展缓慢。因此，开发有效的高通量的硒蛋白质组研究方法迫在眉睫。针对以上现状，开发了一种基于质谱的硒蛋白研究方法，称之为SecMS（Sec-specific mass spectrometry）。这种方法利用硒代半胱氨酸比半胱氨酸具有较低的pKa值这一特性，实现了在低pH条件下对硒代半胱氨酸进行特异性衍生化进而进行富集。此外，还构建了不依赖于SECIS序列的硒蛋白(SECIS-independent selenoprotein，SIS)数据库，该数据库含有最大规模的潜在硒蛋白。结合SecMS和SIS数据库，不仅可以大规模地对已知硒蛋白进行研究，还可以发现新的硒蛋白。利用SecMS方法，发现在BV2细胞中补充Sec可以大大提高细胞中硒蛋白的含量，硒蛋白含量的升高有利于细胞抵抗活性氧含量的升高。此外，用SecMS的方法对小鼠中的硒蛋白进行研究，在小鼠的9个组织中鉴定到了小鼠24个已知硒蛋白中的22个，且每个硒蛋白均鉴定到了其Sec位点信息，具有高可信度。发现,小鼠中的硒蛋白分布具有明显的组织特异性。随着年龄的增大，小鼠的硒蛋白整体呈现下降趋势，且在各组织中变化有所不同。尤为重要的是，结合SIS数据库，在小鼠的组织中发现了至少5个新的硒蛋白，它们均具有高度可信的谱图。这是十五年来首次报道发现新的硒蛋白，也是对硒蛋白质组的最大规模扩充，SecMS结合SIS数据库的方法将对硒蛋白的研究和新的硒蛋白发现产生深远的意义。言而总之，开发了新的硒蛋白研究方法SecMS，不仅可以对已知硒蛋白进行研究，还可以发现新的硒蛋白。硒蛋白可以抵抗细胞中活性氧含量的升高，维持细胞内的氧化还原平衡。硒蛋白随着年龄增大呈现下降趋势，因此可能在衰老及相关疾病中发挥重要的作用。最为关键的是，本研究报道发现了5个新的硒蛋白。本论文第二部分是针对阿司匹林的乙酰化蛋白质靶点及其作用机制展开。阿司匹林也叫乙酰化水杨酸，是广泛应用的解热镇痛抗炎药。最病风险、抗癌、延长寿命等。阿司近的研究报道了一些阿司匹林作用的新功能，例如降低心脏病患匹林功能如此重要，但是关于阿司匹林的作用机制研究却相对匮乏。比较明确的机制是通过将环氧化酶COX-2的S516位点乙酰化，进而抑制前列腺素的生成来发挥解热镇痛抗炎的功效。为了在系统层面研究阿司匹林引起的蛋白质乙酰化靶标，合成了氘同位素标记的阿司匹林，开发了一种基于质谱的方法来研究在体内阿司匹林引起的乙酰化蛋白质组学的变化，称之为“DAcMS”(Deuterium-labeled aspirin induced Acetylome by Mass Spectrometry)。通过深度研究阿司匹林引起的乙酰化蛋白质组学变化，研究阿司匹林的乙酰化作用靶点和机制。利用合成的氘同位素标记的阿司匹林(D-ASA)可以使与阿司匹林作用的底物蛋白带上同位素标记的乙酰基修饰，这种重标乙酰化修饰可以特异性地被高分辨质谱检测。首先，用DAcMS的方法研究了两个细胞系中乙酰化蛋白质组学的变化，分别为LPS刺激产生炎症的BV2细胞系和结肠癌细胞系HCT116。在这两个细胞系中，鉴定了由D-ASA引起的乙酰化蛋白质组学变化。利用DAcMS的方法，在BV2细胞中鉴定到了14429个乙酰化位点，4159个乙酰化蛋白。在HCT116细胞中，鉴定到了18107个乙酰化位点，4796个乙酰化蛋白。这些乙酰化蛋白的功能在两个细胞模型中分别与炎症和癌症密切相关。接下来用不同剂量的D-ASA喂养Balb/c小鼠，研究小鼠不同组织中由阿司匹林引起的乙酰化蛋白。发现，在小鼠的脑、肝脏、肺和血浆中鉴定到的阿司匹林引起的乙酰化位点与细胞水平大不相同，仅有少数位点可以被阿司匹林乙酰化。在高、低剂量组中，分别鉴定到了101个与76个阿司匹林引起的乙酰化蛋白。阿司匹林引起的乙酰化蛋白具有明显的组织特异性。在新发现的阿司匹林的乙酰化靶点中，DAc19蛋白上的乙酰化位点可能可以抑制Aβ42纤维形式从胞外转运到细胞中。在本论文的第二部分研究了阿司匹林引起的乙酰化蛋白质组学的变化，揭示了阿司匹林在不同生物学过程中的作用。DAc19作为一个全新的阿司匹林引起的乙酰化靶点在炎症和神经退行性疾病中都发挥着重要作用。DAcMS的方法可以精确地研究由阿司匹林引起的乙酰化蛋白靶点，从而发现阿司匹林新的作用机制。收起

关键词 : 硒蛋白质组学乙酰化蛋白质组学阿司匹林质谱分析

8. 基于蛋白质组学与磷酸化修饰组学分析鸡对肠炎沙门氏菌应答的分子机制

[学位论文] 苗秀秀山东农业大学 2023年博士导师: 李显耀共141页

摘要 : 肠炎沙门氏菌(SalmonellaentericaserovarEnteritidis,SE)是世界范围内与家禽健康和食源性沙门氏菌病相关的最常见病原体之一，在全球造成重大的公共卫生问题和经济损失。疫苗保护效力具有血清型特异性，抗生素会造成畜禽肠道菌群失调、细菌产生耐药性... 展开肠炎沙门氏菌(SalmonellaentericaserovarEnteritidis,SE)是世界范围内与家禽健康和食源性沙门氏菌病相关的最常见病原体之一，在全球造成重大的公共卫生问题和经济损失。疫苗保护效力具有血清型特异性，抗生素会造成畜禽肠道菌群失调、细菌产生耐药性，因此从根本上提高畜禽的遗传抗性是对SE传统防控的有效补充。实验室前期研究了鸡感染SE后mRNA和miRNA水平的调控机制，但在蛋白质水平的调控机制尚不清楚。因此，本研究以济宁百日鸡和广西瑶鸡的F1代为研究对象，将2日龄SE阴性鸡随机分为2组，试验组口服灌喂0.3mL含菌量为6.34×107cfu/mL的SE菌液，对照组口服灌喂等量的无菌磷酸盐缓冲液(Phosphatebufferedsaline,PBS)。运用TMT(Tandemmasstags)标记的蛋白质组学和磷酸化修饰蛋白质组学分析鸡感染SE后第3d盲肠的蛋白表达调控机制，主要结果如下: 1鸡感染SE后的蛋白质表达调控定量蛋白质组数据分析结果中，共鉴定到6,117个蛋白，其中4,995个可定量，共筛选出315个差异表达蛋白(foldchange＞1.2,Padj＜0.05),其中166个上调，149个下调。随机选取8个差异表达蛋白进行平行反应监测(Parallelreactionmonitoring,PRM),FABP4、FABP1、ACACA、AGPAT2、CPA5、HBB、HBAD和OASL的PRM检测结果与测序结果完全一致。随后对上调、下调蛋白进行亚细胞定位、COG/KOG分类以及基因本位论(Geneontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes,KEGG)和蛋白结构域等富集分析。上调蛋白显著富集到的生物学过程(Biologicalprocess,BP)有14条，主要包括蛋白质激活级联、对细菌的防御反应、免疫反应的激活和脂质转运等，下调蛋白显著富集到转运相关和对刺激反应的调控等BP条目，如氧气运输、有机阴离子转运、对细胞外刺激反应的调节和对生物刺激反应的负调节等。上调蛋白显著富集到的KEGG通路是PPAR信号通路和ABC运输蛋白，下调蛋白显著富集到代谢相关KEGG通路，如代谢途径、视黄醇代谢、脂肪酸代谢、脂肪酸生物合成和类固醇生物合成等，功能富集结果表明鸡感染SE后早期会通过调控相关蛋白质的表达影响代谢过程，免疫-代谢环境改变后开始抗炎反应，抵御定植于盲肠的SE。构建的差异表达蛋白互作网络中包括3个主要的子网络:代谢通路、PPAR信号通路和心肌收缩。本研究为鸡感染SE的调节机制提供了新的见解，揭示了鸡感染SE免疫调节过程的变化。 2鸡感染SE后蛋白磷酸化修饰的调控本研究鉴定到3,868个蛋白上的10,722个磷酸化修饰位点，其中3,155个蛋白上的7,329个位点具有定量信息，差异修饰显著性分析后共鉴定到338个位点磷酸化水平发生了变化，其中磷酸化水平上调的213个位点对应146个蛋白，磷酸化水平下调的125个位点对应97个蛋白(foldchange＞1.5,Padj＜0.05)。随机选取18个差异磷酸化修饰位点进行PRM验证，其中4个差异磷酸化修饰位点与测序结果完全一致，其余14个差异倍数小于1.5倍，但是表达趋势与测序结果一致。蛋白修饰的基序分析中，7,181个丝氨酸磷酸化修饰(pS)位点中鉴定到了64个保守基序，527个苏氨酸磷酸化修饰(pT)位点鉴定到了7个保守基序。上调磷酸化修饰位点对应蛋白富集到的14个GO-BP条目(Padj＜0.05)主要可以分为4类:防御反应、免疫细胞的活化、抗氧化相关的反应和其他。下调磷酸化修饰位点对应蛋白共富集到3个GO-BP条目(Padj＜0.05),分别是粘附连接组织，逆行囊泡介导的转运-高尔基体到内质网和GTP酶活性的正调节。上调磷酸化修饰位点对应蛋白富集到的KEGG通路(P＜0.05)可以分为3类:代谢相关通路，免疫、代谢和炎症反应相关信号通路及其他。下调磷酸化修饰位点对应蛋白显著富集到ABC转运蛋白通路(Padj＜0.05),其他通路与上调磷酸化修饰位点对应蛋白富集到的通路类似，包括与代谢相关的通路和信号通路(P＜0.05)。表明接种SE导致代谢相关蛋白质如CARHSP1、CASK、KHSRP、RAD23A、RBM5、TMF1、FANCM、HECTD4、PPP2R5A和转运蛋白ABCA3、ABCB1和ABCC3等的磷酸化水平发生改变，富集到的Wnt信号通路、NOD样受体信号通路、PPAR信号通路、MAPK信号通路和ABC转运蛋白等通路表明，SE接种会通过改变相关信号通路中的蛋白质磷酸化来影响鸡的免疫应答和代谢。构建的蛋白质互作网络包括上调差异磷酸化修饰位点对应的74个蛋白和下调差异磷酸化修饰位点对应的43个蛋白，3个子网络是内质网中的蛋白质加工、内吞作用和紧密连接。 3蛋白质组学与磷酸化修饰蛋白质组学联合分析本研究统计了在定量蛋白组中差异不显著，在磷酸化修饰蛋白组差异显著的蛋白质。结果表明，上调磷酸化修饰位点对应的139个蛋白和下调磷酸化修饰位点对应的94个蛋白在定量蛋白组中差异不显著。构建的定量蛋白组差异表达蛋白与磷酸化蛋白组差异磷酸化修饰位点对应蛋白的互作网络图，其中有5个主要的子网络:PPAR信号通路、代谢通路、VEGF信号通路、Apelin信号通路和细胞色素P450对外源性物质的代谢。定量蛋白组的315个差异表达蛋白与磷酸化蛋白组差异磷酸化修饰位点对应的243个蛋白中，共有蛋白数是30个，其中24个蛋白在定量蛋白组中与磷酸化蛋白组学中所含磷酸化修饰位点的调控方向相反，仅有4个蛋白调控方向相同，F1NLZ2和E1C172的多个磷酸化修饰位点具有2种不同的调控方向。共有蛋白显著富集到的GO-BP条目是肌动蛋白丝组织、肌动蛋白丝聚合、血小板衍生生长因子受体信号通路的负调控和肌动蛋白聚合或解聚，显著富集到的KEGG通路是紧密连接，表明鸡感染SE后可以通过肌动蛋白和紧密连接的作用维持细胞稳态。 4FABP1与ATP1B1和NPC2互作维持鸡感染SE后的机体稳态差异表达蛋白FABP1与脂肪代谢相关，为探讨FABP1的作用机制，运用酵母双杂交技术筛选FABP1的互作蛋白。成功构建对酵母细胞无毒和无自激活现象的FABP1诱饵载体后，使用共转法筛选FABP1的互作蛋白，共筛选到2个阳性克隆，经测序后序列比对为ATP1B1（钠/钾转运ATP酶亚基β-1）和NPC2（NPC细胞内胆固醇转运蛋白2）,随后进行一对一回转验证和点板验证，结果表明ATP1B1和NPC2是FABP1的互作蛋白。FABP1分别与ATP1B1和NPC2具有相互作用，且可以共同调节鸡感染SE的应答反应，但如何发生相互作用来调控机体与SE之间的平衡仍需进一步研究。综上所述，本研究分析了鸡感染SE的差异表达蛋白，差异磷酸化修饰位点及其对应蛋白，构建蛋白互作调控网络，使用酵母双杂交系统筛选差异表达蛋白FABP1的互作蛋白，解析鸡SE感染的蛋白调控机制，为家禽抗SE感染育种提供理论支持和科学依据。收起

关键词 : 鸡肠炎沙门氏菌蛋白质组学磷酸化修饰蛋白质组学

9. 利用定量化学蛋白组学方法探究硒啉类药物的靶向蛋白

[学位论文] 姜中尧山东师范大学 2018年硕士导师: 陈蓁蓁;唐波共86页

摘要 : 随着化学蛋白质组学的不断发展，近年来利用化学小分子探针来探究药物靶蛋白的研究工作取得很大的进展。含硒药物依布硒啉（ebselen）因其特定的结构能够在体内发挥模拟酶的作用，并且可以用于预防和治疗各种疾病；乙烷硒啉（ethaselen）能够和硫氧还... 展开随着化学蛋白质组学的不断发展，近年来利用化学小分子探针来探究药物靶蛋白的研究工作取得很大的进展。含硒药物依布硒啉（ebselen）因其特定的结构能够在体内发挥模拟酶的作用，并且可以用于预防和治疗各种疾病；乙烷硒啉（ethaselen）能够和硫氧还蛋白还原酶的活性位点作用，有效抑制硫氧还蛋白还原酶的催化活性，影响调节细胞周期中关键蛋白的表达，进而抑制肿瘤的生长。依布硒啉和乙烷硒啉有着相同的硒-氮键结构，它们可以对多种蛋白进行共价修饰。但由于之前对这两种硒啉类药物所靶向蛋白的研究基本上都是通过对单个特定蛋白质的研究或者通过一些硒啉类药物的衍生物来对生物体内能够被硒啉类药物所靶向的蛋白质进行研究，导致对硒啉类药物靶向蛋白的研究进展比较缓慢或者结果不够准确。针对所存在的问题，我们合成了两种小分子探针（Biotin-Ebselen和Alk-BBSKE），分别来探究依布硒啉和乙烷硒啉在人蛋白组范围内所能共价靶向的蛋白质。同时利用定量化学蛋白质组学能够高通量、高效率、精准地鉴定依布硒啉或者乙烷硒啉在某种细胞或组织内的靶标蛋白，更加全面地分析硒啉类药物在体内发挥的重要作用。本文主要工作包括以下内容： 1、我们利用所合成的生物素-依布硒啉探针（Biotin-Ebselen），开发了一种检测依布硒啉共价靶标蛋白的蛋白质活性表达谱方法（ABPP）。利用该方法结合定量蛋白质组学方法发现了HeLa细胞蛋白组中与依布硒啉共价作用的462种靶标蛋白，其中大部分是之前没有报道过的依布硒啉靶向蛋白。所鉴定出的靶蛋白中包括 15 种组蛋白，在一定程度上表明依布硒啉具有着调节生理功能的多重作用。这些结果将有助于在临床实验中重新设计基于依布硒啉的应用疗法。 2、鉴于目前对乙烷硒啉及其衍生物的研究主要集中于其对硫氧还蛋白酶的作用，以及对多种癌细胞的抗癌效果等方面，其蛋白组中的靶标蛋白研究尚未涉及，因此，基于特定硒氮键结构及以上对 ebselen 靶蛋白的研究，我们将利用定量蛋白组学的方法来对乙烷硒啉的靶蛋白进行探究。通过设计带有炔基的乙烷硒啉小分子探针Alk-BBSKE，利用化学蛋白组学的方法对乙烷硒啉共价作用的靶标蛋白进行高通量的鉴定。这些结果将为乙烷硒啉在临床实验疗效分析方面提供重要信息。收起

关键词 : 化学蛋白质组学定量蛋白质组学依布硒啉乙烷硒啉靶向蛋白

10. 小鼠胚胎发育过程中肝脏差异蛋白质组分析

[学位论文] 杨曦重庆医科大学 2005年硕士导师: 王应雄共62页

摘要 : 　　胚胎时期的肝脏组织是造血、免疫和肝脏系统干/祖细胞的主要来源，胚胎肝细胞(fetallivercell，FLC)也被广泛用于多种疾病的临床治疗，但至今对胎肝发育及FLC疗法的作用机制认识尚不一致。在胚胎发育过程中，肝脏在形态与生化方面发生了一系列的变... 展开

关键词 : 小鼠胚胎肝脏蛋白质组