摘要: 目的： 应用RNA测序技术（RNA-seq），对 VKHS患者激素治疗前后外周血单核细胞（peripheral blood mononuclear cells，PBMCs）进行转录组测序及生物信息学分析和验证，以揭示VKHS可能的发病机制及治疗前后本病相关因子表达的变化情况。 方法：... 展开 目的： 应用RNA测序技术（RNA-seq），对 VKHS患者激素治疗前后外周血单核细胞（peripheral blood mononuclear cells，PBMCs）进行转录组测序及生物信息学分析和验证，以揭示VKHS可能的发病机制及治疗前后本病相关因子表达的变化情况。 方法： 抽取一例确诊为VKHS患者的激素治疗前(pre)、激素治疗三个月后（af）及激素治疗停止三个月后（af2）的外周血，使用Trizol法提取总RNA。在Illumina HiSeq PE-X10测序平台上对该 VKHS病人的3个样本所建的 cDNA文库按每个样本大于68.4百万条150bp行末端配对法（pair-end）进行测序，所得读数用RNA STAR(v2.4.0j)比对到人类基因组(Homo sapiens版本hg19)和转录组（gencode V19），featureCounts（v1.4.6）计算估计表达量， Ensembl(v5.0.78)进行注释，edgeR（v3.8.5）计算 FPKM值，R语言包DEseq2(v1.6.1)进行RNA-Seq数据的定量和基因差异表达分析，PANTHER、DAVID、STRING、GeneMania等生物信息学软件分析，系统评价了 VKHS差异表达基因(differentially expressed genes，DEGs）的功能分类。利用 qPCR对9个与 VKHS发病相关的基因进行mRNA表达水平的验证。Small RNA测序时，将数据比对到miRBase（版本V2.0）并使用miRanalyzer algorithm以检测和估计miRNA的表达，由此鉴定有差异的miRNA。 结果： 在该VKHS患者中发现了55765个转录本，以 p值＜0.05和改变倍数（fold change， FC）＞1.5为过滤标准，af/pre中，检测到214个DEGs中，99个基因表达上调，115个基因表达下调，生物信息学预测这些下调因子主要参与对细菌的防御反应和平滑肌的松弛等生物学过程；af2/pre中，检测到281个DEGs中，63个基因表达上调，218个基因表达下调，生物信息学预测这些下调因子主要参与应激反应、炎症反应、对外部刺激的反应等生物学过程；af/af2中，检测到197个DEGs中，120个基因表达上调，77个基因表达下调，生物信息学预测这些下调因子主要参与应激反应、免疫系统过程、对外部刺激的反应等生物学过程，说明激素治疗过程中机体仍在参与应激或免疫等过程。在 af/pre，af2/pre中，共存的DEGs共有80个，其中22个上调，58个下调，GO和通路（pathway）分析显示这些下调的共存基因跟细胞过程、生物调节、应激反应和免疫系统过程等相关。在48个样本中，qPCR验证结果显示，在af2/pre中，8个下调mRNA（FCGR3B、F2RL1、IL1B、TLR2、TLR4、TLR8、FAS、SLPI）和上调基因HLA-DRB1两者的变化趋势一致，进一步验证了RNA测序的结果；在af/pre中，7个下调mRNA（FCGR3B、F2RL1、IL1B、TLR2、TLR4、TLR8、FAS），但是下调基因SLPI在qPCR显示是上调的，上调基因HLA-DRB1在qPCR显示是下调的。 结论： 筛选出VKHS用药前后对比的差异表达基因，并予验证。提示这些基因可能跟VKHS发病相关，但是需要进一步研究，与此同时，其中炎症因子的下调也提示治疗的有效性。本研究筛选的差异表达基因为进一步探索VKHS的分子机制和治疗靶点提供了参考。 收起