摘要: 产肉量的遗传改良一直以来都是肉牛遗传育种中重要部分。传统肉牛育种由于时代间隔，通常耗时较长，分子辅助选育的出现使得育种年限明显缩短。单核苷酸多态性，即SNP(single nucleotide polymorphism),在动物遗传改良中使得对肉牛相关性状在遗传物质... 展开 产肉量的遗传改良一直以来都是肉牛遗传育种中重要部分。传统肉牛育种由于时代间隔，通常耗时较长，分子辅助选育的出现使得育种年限明显缩短。单核苷酸多态性，即SNP(single nucleotide polymorphism),在动物遗传改良中使得对肉牛相关性状在遗传物质上选择成为了一种可能，通过此技术可以进一步加快肉牛育种效率，使用该技术的过程中关键在于对相关基因SNP的分析。因此在肉牛选育过程中，候选基因的选择极为关键，随着测序技术的发展，转录组测序技术应用于生物研究中多个领域，转录组测序技术的广泛应用有利于科研者对生命活动中的功能基因进行大规模高通量筛选，以此较快地发现肌肉组织发育过程中重要的调控基因，极大提高了筛选候选基因的效率。本研究以肉牛骨骼肌转录组数据为研究对象，挖掘肉牛肌肉生长发育相关lincRNAs,预测其靶基因，筛选肉牛肌肉发育关键候选基因，检测候选基因的SNP作为遗传标记，并将肉牛群体进行通过RFLP-PCR基因分型，然后将基因型与表型性状关联分析。本研究得到以下结果: (1)以6组58个样本的转录组测序数据为材料，使用Hisat2和Cufflinks等软件对原始数据进行质控、比对、组装等预处理，然后进行lincRNAs鉴定与差异表达分析。结果表明，通过差异表达分析鉴定lincRNAs,共得到2312个差异表达lincRNAs,其中已知lincRNAs有578个，新鉴定的lincRNAs有1734个，通过lincRNAs在染色体上的位置信息发现所分析的结果集中在1号、2号、5号、18号、21号、二13号染色体上。 (2)基于lincRNA的顺式调控和反式调控机制，筛选差异表达lincRNAs的顺式、反式靶基因基因共892个，对这些基因做富集分析，发现它们聚类在骨骼肌组织发育和骨骼肌纤维发育等通路。 (3)整合分析差异表达lincRNAs的靶基因，筛选了 9个肌肉发育相关基因，选择MYO7B、MYF5和MYF6作为下一步肉牛生产性状关联分析的候选基因。采集皮南牛血液样品，提取基因组DNA,通过混池测序筛选SNP位点。利用PCR-RFLP方法对肉牛群体进行基因分型，随后进行候选基因多态性与生产性状表型关联分析。 (4)关联分析结果表明，在本皮南牛群体中，MYO7Bg.4991588 G＞A位点与体高、体重之间存在极显著的关联性，与体斜长和胸围之间显著关联;携带A等位基因的个体具有更大的成年体尺体重，为优势等位基因。MYF5 c.99 G＞A位点与体高、胸围和体重之间无关联性，与体斜长显著关联，携带G等位基因的个体具有更大的生长表型，是优势等位基因;MYF6c.809 C＞G与体斜长、胸围和体重之间存在显著的关联性，与体高无关联，C等位基因是优势等位基因。 综上所述，本研究首先通过不同品种肉牛骨骼肌转录组数据分析出差异表达基因间lincRNA,再通过对其靶基因进行相关预测，最终筛选出可能与骨骼肌发育相关的候选基因MYO7B、MYF5和MYF6，为研究皮南牛遗传改良提供了宝贵的遗传资源。此外本研究通过分析候选基因内的SNP位点，在皮南牛群体中通过对不同个体进行基因分型，然后将不同基因型与体高、体重、体斜长和胸围进行关联分析，为皮南牛遗传改良中的分子标记提供了一定的科学依据。 收起