中国科学技术信息研究所--国家工程技术数字图书馆

[学位论文] 彭昕南京农业大学 2003年硕士导师: 聂理;李萍共54页

摘要 : 贝母为常用贵重中药材,药用历史悠久,中国贝母属植物已超过50种(变种),全国各地用作贝母的原植物种类繁多,此外商品贝母中还常混有土贝母、唐菖蒲等伪混品,严重影响了药品安全有效性,由于贝母类药材的形态学上是差异较小,但是化学成分差异大,因此准确... 展开贝母为常用贵重中药材,药用历史悠久,中国贝母属植物已超过50种(变种),全国各地用作贝母的原植物种类繁多,此外商品贝母中还常混有土贝母、唐菖蒲等伪混品,严重影响了药品安全有效性,由于贝母类药材的形态学上是差异较小,但是化学成分差异大,因此准确地鉴定贝母类药材的基源种类是一项极为重要的工作,为了探索贝母类药材的快速、准确的鉴别方法,该文主要进行了以下几方面的研究:1 在查阅文献的基础上,系统总结了近年来分子生物学技术在中药材鉴定领域应用和发展的情况,分析了贝母类药材的市场使用品种及鉴定方法的研究情况.2 采用PCR产物直接测序法对11个贝母样品进行了nrDNA的ITS序列测定,对所测定的序列,以Lilium japonicum及Lilium mackliniae为外类群,用Clustal X对位排列,应用MEGA 2.0软件进行序列分析,用UPGMA法构建了贝母属植物及两种外类群植物的分子系统树,该系统树显示出Fritillaria属分化明显,各成一以,在Fritillaria属中分为四支:1 F.przewalskii、F.unibracteata、F.delavayi 2 F.thunbergii、F.thunbergii var.chekiangensis、F.puqiensis、F.hupehensis 3 F.pallidiflora 4 F.ussuriensis,我们的试验结果基本支持传统分类观点,并认为F.delavayi应归入F.przewalskii群.为贝母属植物的系统学研究提供了分子数据.3 采用PCR-RFLP技术分别对贝母样品进行了分子鉴定研究,结果表明:限制性内切酶AclI(Psp1406I),HinfI,BcnI消化5SrDNA间隔区分别能够鉴定出湖北贝母,梭砂贝母,暗紫贝母.限制性内切酶SamI,Eco81I消化rDNA ITS区(或ITS1区)分别能够鉴定出川贝及其各变种,伊贝母.4 设计了三对专用于浙贝母鉴定的特异性PCR引物:(1)FthP1与FthP2,(2)FthP2与FthP3,(3)FthP1与FthP4,分别在60℃,60℃,62℃的复性温度下能有效鉴别浙贝母.此项已申请国家专利.设计了一对用于鉴定伊贝母的特异性PCR引物FpdP<,2>与FpdP<,3>,在67℃复性温度的条件下,只能特异地从伊贝母的DNA模板中得到扩增产物,因此可成功地鉴别出伊贝母. 收起

关键词 : 贝母分子生物学

2. 基于LC-MS的代谢组学方法及衰老的代谢调控研究

[学位论文] 蔡玉萍中国科学院大学 2018年博士导师: 朱正江共169页

摘要 : 代谢组学是定量地研究生命体内代谢物及其相关代谢通路在生命系统被扰动后（如基因改变、疾病状态或环境变化）的变化及其变化规律的科学。通过对生命体代谢组的研究能够更直接、更准确地探测到生物体的生理和病理状态，深入全面地了解疾病发生的机理... 展开代谢组学是定量地研究生命体内代谢物及其相关代谢通路在生命系统被扰动后（如基因改变、疾病状态或环境变化）的变化及其变化规律的科学。通过对生命体代谢组的研究能够更直接、更准确地探测到生物体的生理和病理状态，深入全面地了解疾病发生的机理，进而实现对疾病的早期诊断和治疗。质谱分析技术已广泛应用于代谢组学的研究中，其具有检测范围广，高选择性和高灵敏度的特点，同时质谱分析能够提供化合物的分子量和结构信息，有利于代谢物的结构鉴定。本论文的研究工作主要是发展新型质谱分析方法并将其应用于生物学问题相关的代谢组学研究中，通过分别开发高效的靶向代谢组学方法和非靶向代谢组学方法，扩充可检测的代谢物的数目和种类，提高代谢物结构鉴定效率和准确率，以及代谢物定量分析的准确度，结合数据处理方法实现代谢组学研究的高通量、全定量和自动化的分析目标。在建立高效新型代谢组学研究方法的基础上，在系统层面上对生物样品中的所有小分子代谢物进行检测，特别针对以果蝇为模式动物的衰老模型，寻找具有显著变化的代谢物及其相关的代谢通路，深入认识和了解生命体衰老的分子生物学机理。第一部分研究工作，我们成功开发了基于串联三重四极杆质谱的靶向代谢组学平台MRMAnalyzer。首先，我们利用HILIC色谱分离结合多反应监测(Multiple Reaction Monitoring，MRM)以及正负离子切换(positive/negative ion polarity switch)技术建立了HILIC-MS分析方法，该靶向代谢组学方法能在15分钟内同时定量检测182个代谢物，实现了对样品中极性小分子代谢物的快速、准确和高通量的相对定量分析。其次，相应地我们开发了数据分析平台MRMAnalyzer，实现了对大规模靶向代谢组学数据的自动化处理。在第二部分研究工作中，我们利用数据依赖型数据采集方法(Data-Dependent data Acquisition，DDA)，发展了适用于同时进行代谢物定量分析和定性分析的非靶向代谢组学方法。根据色谱峰峰宽(peak width)的不同，我们系统地优化了一级质谱扫描时间(MS1accumulation time)、二级质谱扫描时间（MS2accumulation time）以及一个cycle里进行二级质谱扫描的次数等，该最优DDA方法能够同时满足代谢特征峰高灵敏度和二级谱图覆盖度高的非靶向代谢组学方法要求。第三部分研究工作，我们结合数据非依赖型数据采集方法(Data-independent data Acquisition，DIA)和靶向提取的分析策略，发展了基于SWATH数据自建库的代谢组全定量方法。在这一工作中，我们从SWATH数据出发构建其自身DIA数据库，并进一步地针对DIA数据的定量方法进行了全面而系统的评价。该方法构建的数据库代谢物覆盖范围广、二级谱图质量高并且具有较高的重现性。我们系统地考量了采用不同方式对代谢物进行准确定量的效果，其中包括选择Int_max，PPC_max，Occurrence frequency_max，Interference level_min和top-N_sum。结果显示，选择信号强度最高的子离子用做代谢物的定量分析准确度最高。我们将发展的这一方法应用到小鼠肝脏样品中，最终构建了包括5，400个代谢物的DIA数据库，并对这些代谢物进行了准确的定量分析。第四部分研究工作，我们发展了新型的SWATH数据分析方法，能够同时进行传统代谢物轮廓分析以及大规模发现和鉴定内源性、修饰性代谢物分析。相应地，我们也开发了数据分析流程，即MetModification，用来自动提取、发现和鉴定SWATH-MS数据集中的修饰性代谢物。实现了能在一次进样的条件下同时分析60种不同修饰类型的代谢物目标。其中包括乙酰化、磷酸化、磺化、葡糖醛酸、半胱氨酸偶联、肉毒碱偶联、棕榈酸偶联、葡萄糖偶联和核糖偶联等等。第五部分研究工作，我们利用模式动物果蝇为衰老模型，对五个年龄段（3天、15天、30天、45天和60天）的果蝇头部进行了深入的代谢组轮廓分析，同时进行靶向和非靶向代谢组学分析检测极性小分子代谢物和脂质组学分析检测非极性代谢物。我们在果蝇体内共检测鉴定到了622个小分子代谢物，其中包括107个极性小分子、502个非极性脂质分子和13个脂肪酸分子（总脂肪酸）。分析结果显示，在果蝇正常衰老过程中代谢组发生了显著性的变化，而具有直接关联的糖代谢通路和脂质合成通路受衰老的影响较为明显，因此对糖代谢和脂质合成这一平衡进行干扰实验可能有利于充分地研究衰老和寿命长短的内在机制。进一步地，结合转录组学数据和代谢组学数据，我们详细地阐述解释了果蝇衰老过程中H3K27me3的表观修饰变化引起的下游调控寿命的机理，通过突变PRC2complex降低H3K27me3的修饰水平，能够激活糖酵解代谢通路，进而延长果蝇寿命。收起

关键词 : 衰老代谢组学分子生物学

3. 双生病毒的分子生物学

[学位论文] 刘玉乐中国科学院微生物研究所 1997年博士导师: 田波共98页

摘要 : 该研究完成了巴基斯坦棉花曲叶病毒(CLCuV-PK)全长基因组单体和双体DNA克隆.证明了CLCuV-PK是一个单组分双生病毒.分子杂交、PCR、序列和酶切分析表明:在CLCuV-PK侵染的烟草和番茄中除CLCuV-PK全长基因组存在外,还存在一系列的与CLCuV-PK基因组相关的... 展开

关键词 : 双生病毒分子生物学

4. 随机荡步模型及其在生物分子输运过程中的应用

[学位论文] 宓东中国科学技术大学 1997年博士导师: 侯伯元;宋鹤山共53页

摘要 : 作者首先简单地介绍了分子生物学中遗传信息从DNA到RNA再到蛋白质的传递过程,其中,着重指出,在复制,转录和翻译期间,存在着大量的这样的输运过程,即酶或蛋白质沿着一条长的分子链从一点移动到另外一点的运动过程.

关键词 : 分子生物学输运过程

5. 番茄诱导抗病性的分子生物学研究

[学位论文] 葛银林浙江大学 1995年博士导师: 李德葆共111页

关键词 : 番茄抗病性分子生物学

6. 肺癌发展过程中几种分子生物学指标的变化和临床应用的价值

[学位论文] 王兴元北京协和医学院(中国医学科学院) 1998年博士导师: 孙燕;吴民共89页

摘要 : #

关键词 : 肺癌发展过程分子生物学

7. p53,HER-2/neu,bcl-2和Fas在非小细胞肺癌组织中异常表达的临床意义

[学位论文] 王燕北京协和医学院(中国医学科学院) 2003年硕士导师: 张湘茹;张伟共43页

摘要 : 目的:该文综述了近年来在NSCLC中发现的一些分子生物学指标异常与预后的关系.一.NSCLC的分子生物学异常;1.原癌基因;(1)Ras:Ras基因家族是最早发现的原癌基因之一,包括H-Ras,K-Ras,N-Ras,其中K-Ras更易成为突变的靶基因.(2)HER-2/neu:HER-2/neu位于染... 展开

关键词 : 核磷酸蛋白分子生物学肺癌

8. 小檗碱对胃癌的细胞药理学作用及其分子生物学基础

[学位论文] 马伟广州中医药大学 1998年博士导师: 王建华共40页

关键词 : 胃癌药理学分子生物学

9. 西太平洋鲽形目鱼类的物种多样性与区系分布的研究

[学位论文] 焦燕中国海洋大学 2000年博士导师: 陈大刚;高大翔共220页

摘要 : 鲽形目鱼类经过上亿年的演替,形成今日分布几乎遍及全球且种类给繁的生笔门类.笔者在系统阅读国内外有关该目鱼类相关研究文献的基础上,结合教研室历届调查资料,重新整理了西太平洋该目鱼类的形态分类,列写了检索表与配图.事理他世界上现在的比目鱼类... 展开

关键词 : 鲽形目鱼类地理分布分子生物学

10. 水稻条纹病毒的分子生物学研究

[学位论文] 黄凌哲浙江大学 2011年博士导师: 方荣祥;周雪平共132页

摘要 : 水稻条纹叶枯病是目前我国水稻生产上最具威胁性的病毒病，曾多次在不同省市出现大规模的爆发，造成水稻的严重减产。为了更好的了解水稻条纹病毒(Rice stripevirus，RSV)的危害流行，本论文围绕RSV在不同寄主中的群体变异和抵抗RNA沉默的机制方面开展... 展开水稻条纹叶枯病是目前我国水稻生产上最具威胁性的病毒病，曾多次在不同省市出现大规模的爆发，造成水稻的严重减产。为了更好的了解水稻条纹病毒(Rice stripevirus，RSV)的危害流行，本论文围绕RSV在不同寄主中的群体变异和抵抗RNA沉默的机制方面开展了相关研究; 1来自6个不同地区RSV分离物的基因组序列测定及东亚地区RSV群体序列分析测定了来自云南、浙江、江苏和辽宁四个省份的共6个RSV分离物的基因组全序列.并将它们和其它从NCBI()基因库中下载的我国、日本和韩国的RSV分离物序列进行比对分析。结果表明东亚地区的RSV分离物的遗传多样性相对较低，所有的基因都检测到了负向（净化）选择压。而其中我国云南省内的RSV分离物的遗传多样性则高于东亚其它地区，并且在系统进化树分析上发现其中一个分支的分离物全都来自云南。 2通过高通量测序分析RSV在不同寄主的群体变异和分子进化通过高通量测序测定了在发病水稻个体中的RSV准种的群体序列，同时将该群体转移至本氏烟（非RSV的自然寄主）中后再测定群体序列。结果表明，在转移至本氏烟之后，RSV准种的群体变异程度大大增加，并且准种的结构发生了明显的改变，碱基的组成成分中GC的含量也有下降的趋势。通过生物信息学分析发现，RSV在转移至本氏烟之后，RdRP、NSvc2和CP三个基因中都检测到了正向选择压的信号，而在自然寄主水稻中则没有这种现象。本试验的结果表明高通量测序技术是一个研究植物RNA病毒的准种群体遗传学中的强力手段. 3在不同寄主中RSV来源的小干扰RNA的鉴定利用Solexa平台第二代测序技术测定了RSV来源的小RNA(small RNAs，sRNA)在自然寄主水稻和非自然寄主本氏烟中的产生情况。在侵染的水稻和本氏烟中，RSV来源的sRNA以20-22 nt为主，而23和24 nt的则很少.将sRNA匹配到RSV的基因组上发现，其分布是不均匀的:在本氏烟中RSV来源的sRNA主要分布在RNA4上;而在水稻中则主要分布在RNA3和RNA4上.这两者相似的地方是sRNA分布的峰值都出现在RSV基因组RNA的两端。对sRNA的极性分析发现，在水稻中sRNA的极性是倾向于来自病毒链的，而在本氏烟中则接近1∶1。并且不同长度的sRNA的极性也有不同，在两种寄主中23 nt和24 nt的sRNA相比20-22 nt的sRNA都更加倾向于来自病毒链。 4 dsRNA介导的抗RSV基因工程研究以在水稻体内转录出RNA沉默的高效诱导因子-dsRNA为目标，将RSV RdRP基因部分序列以反向重复的方式插入到植物表达载体pCAMBIA1301上35S启动子下游，形成能表达hairpin-RNA的重组载体。再通过农杆菌介导法转化水稻，并对转基因水稻的抗性水平进行了检测，在12个转基因株系中筛选到6不对RSV具有抗性，并能在T1和T2代中稳定遗传。 5 RSV NS3蛋白的寄主因子筛选以NS3蛋白为诱饵，利用酵母双杂交系统从水稻cDNA文库中筛选与NS3蛋白互作的水稻寄主因子。将NS3基因构建到诱饵质粒pGBK-T7上并导入酵母菌Y2HGold中，将其与带有水稻cDNA文库质粒的酵母菌Y187融合，通过营养缺陷型培养基和ABA抗生素筛选，并进一步通过回转验证，最终确定了OsSO蛋白是与NS3蛋白互作的水稻寄主因子之一.通过双分子荧光互补试验验证了OsSO和NS蛋白在植物体内的互作情况，发现其互作在细胞核和细胞质中均有分布，并且在细胞质内会聚集成点状。OsSO蛋白是一个亚硫酸氧化酶，主要在非生物胁迫应答中起作用。NS3和OsSO蛋白互作对于病毒侵染的作用还有待于进一步研究. 收起

关键词 : 水稻条纹病毒分子生物学群体序列