摘要: microRNA(miRNA)是一类内源性非编码RNA长度约为22nt左右，miRNA通过与靶基因mRNA的3＇非翻译区（3＇UntranslatedRegion,3＇UTR）结合，降解mRNA或抑制mRNA翻译过程来发挥转录后调控作用。miRNA广泛分布于各种真核生物，参与机体细胞增殖、分化、凋亡... 展开 microRNA(miRNA)是一类内源性非编码RNA长度约为22nt左右，miRNA通过与靶基因mRNA的3＇非翻译区（3＇UntranslatedRegion,3＇UTR）结合，降解mRNA或抑制mRNA翻译过程来发挥转录后调控作用。miRNA广泛分布于各种真核生物，参与机体细胞增殖、分化、凋亡、胚胎发育、物质代谢、肿瘤的发生抑制和细胞信号转导等各项生命活动。香猪是贵州地方猪品种之一，是重要的经济动物主要特点是性成熟早产仔数少，产仔数少是阻碍香猪生产业发展的关键因素。本研究旨在从香猪卵巢smallRNA测序数据中挖掘调控香猪发情的miRNA分子，分析香猪发的情分子调控机制，为从分子水平解析香猪产仔数提供理论依据。研究以发情期和发情间期的香猪为供试动物，屠宰后取其卵巢组织提取总RNA进行smallRNA测序，利用生物信息学方法检测香猪卵巢miRNA表达谱筛选差异表达的miRNA，并预测差异表达miRNA的靶基因，对靶基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析，最后初步筛选出香猪卵巢中对香猪发情具有调控作用的miRNA。本研究获得的结果如下： 1.基于高通量smallRNA测序，利用生物信息学方法检测香猪卵巢miRNA表达谱。发情间期的香猪卵巢中miRNA序列比发情期多，发情期香猪卵巢中共有68342条miRNA序列，其中61448条来源于猪6894条来源于与人牛小鼠的同源，发情间期的香猪的卵巢中共有71122条miRNA序列，其中63530条来源于猪7592条来源于与人牛小鼠的同源。 2.发情期和发情间期的香猪卵巢miRNA序列，均表现出与牛的miRNA序列同源的最多与小鼠同源的最少，发情期和发情间期的香猪卵巢miRNA序列中分别有26.50%和25.40%的序列在猪、人、牛、小鼠四个物种间保守。 3.香猪卵巢中miRNA序列注释显示，发情间期的香猪卵巢中表达的miRNA分子比发情期要丰富。发情间期和发情期香猪卵巢中分别有607和594个miRNA分子表达，其中577个在发情期和发情间期共同表达，发情期香猪卵巢特有表达17个，发情间期特有表达30个。 4.根据差异表达的阈值Plt;0.05且logFCgt;1或logFClt;-1为筛选条件，本研究共筛选得到34个差异表达miRNA，与发情间情相比发情期有21个miRNA分子上调，13个miRNA分子下调。对差异表达miRNA进行靶基因预测，共得到1189个靶基因。 5.通过GO富集和KEGG通路分析靶基因，发现主要参与的生物学过程包括，细胞过程（cellularprocess）、代谢过程（metabolicprocess），主要分布在细胞(cell)、细胞部分(cellpart)，分子功能主要涉及结合（binding），催化活性（catalyticactivity）等。靶基因通路富集中有多条通路与卵泡的发育成熟排卵有关，如性腺激素释放激素受体途径(Gonadotropin-releasinghormonereceptorpathway)、胰岛素样生长因子通路(insulinIGFpathway)、表皮生长因子受体信号通路（EGFsignalingpathway）等。研究筛选出7个可能对香猪的发情具有调控作用的miRNA分子（miR-23b、let-7i-5p、miR-103、miR-30e-5p、miR-1271-5p、miR-181a、miR-125b）。 6.经过实时荧光定量PCR试验验证，随机检测的6个miRNA序列（miR-133b、miR-143-3p、miR-7-5p、miR-500-5p、miR-145-5p、miR-23b），在发情期与发情间期的香猪卵巢中均有表达，与测序分析结果比较发现大致趋势是一致的。 收起