摘要: 背景：肿瘤是指组织细胞不受控制地异常增生而逐步形成的肿块，可以分为良性肿瘤和恶性肿瘤两大类。恶性肿瘤中起源于上皮组织的称为癌，起源于间叶组织的称为肉瘤。恶性肿瘤是危害人类健康的主要因素之一，2018年全年全球死于恶性肿瘤的人数接近1000... 展开 背景：肿瘤是指组织细胞不受控制地异常增生而逐步形成的肿块，可以分为良性肿瘤和恶性肿瘤两大类。恶性肿瘤中起源于上皮组织的称为癌，起源于间叶组织的称为肉瘤。恶性肿瘤是危害人类健康的主要因素之一，2018年全年全球死于恶性肿瘤的人数接近1000万。肿瘤标志物是由肿瘤细胞产生的或者被肿瘤细胞影响的正常细胞产生的，具有表征肿瘤发生、预后的物质。 材料与方法：用于筛选独立预后基因的肿瘤RNA-seq数据和对应肿瘤的临床数据下载自TCGA数据库旗下的GDC网站。对于没有临床正常样本的肿瘤，我们下载了GTEx数据库的正常样本进行了补充。大致方法如下：1，我们对RNA-seq数据进行了清洗，并将Ensemble名称转换成了基因名；2，通过差异分析，得到在肿瘤样本和正常样本中差异表达的基因；3.将得到的差异表达基因表达数据与生存数据合并分析，得到和生存相关的差异表达基因；4.将前两步筛选得到的基因表达数据与临床数据合并，做多因素COX分析，筛选可以作为独立预后因子的基因；5.对于可作为独立预后因子的基因，我们绘制1年生存率的接受者操作特性曲线(ROC曲线)，并且计算曲线下面积AUC，筛选AUC>0.6的基因作为最终结果；6.分析得到的独立预后基因与临床性状的相关性；7.对得到的独立预后基因进行GO和KEGG富集分析；8.运用C#，HTML，CSS等编程语言，构建在线服务数据库，将所得到的结果展示在网站上。 结果：我们最终在9个肿瘤中筛选得到了肿瘤的独立预后基因。我们在膀胱尿路上皮癌中筛选到了43个基因；在肾透明细胞癌中筛选到了124个基因；在肾乳头状细胞癌中筛选到了237个基因；在胰腺癌中筛选到了86个基因；在结肠癌中筛选到了20个基因；在肝癌中筛选到了1194个基因；在肺腺癌中筛选到了113个基因；在胃腺癌中筛选到了21个基因；在甲状腺癌中筛选到了19个基因。我们对筛选到的基因进行了GO、KEGG富集分析，有一部分肿瘤的独立预后基因未富集到结果。富集到结果的肿瘤有富集到葡萄糖-6-磷酸的糖酵解过程，氨基酸的生物合成等重要的生物学过程。最后，我们将得到的具有独立预后功能的基因的差异表达图，生存分析图，ROC曲线图展示在网站上。 总结：通过一系列的生物信息学分析，我们最终筛选到了一大批具有独立预后功能的基因，其中包括了表达蛋白的基因和没有对应蛋白的基因。在这些基因中有一些已经被报道和对应的肿瘤相关，或者被报道可以作为独立预后基因。而大部分基因此前尚未被报道。希望我们的工作能够对其他科研工作者提供帮助。我们的工作数据来源目前完全来自TCGA，后续我们将会加入其他来源的数据。 收起