摘要: 探讨生物如何适应高原极端环境的分子机制是目前进化领域的热点问题。青藏高原被誉为“世界屋脊”，是开展此项研究的理想场所。尤其随着高通量测序及基因组分析方法的发展，使基于全基因组信息开展此类研究成为可能。然而，过去大部分的研究对象是恒温... 展开 探讨生物如何适应高原极端环境的分子机制是目前进化领域的热点问题。青藏高原被誉为“世界屋脊”，是开展此项研究的理想场所。尤其随着高通量测序及基因组分析方法的发展，使基于全基因组信息开展此类研究成为可能。然而，过去大部分的研究对象是恒温动物，如哺乳类和鸟类，其高原适应遗传机制也有很好的了解，而对种类和数量更多的变温动物目前却仍缺乏系统研究，变温动物的高原适应性的遗传机制尚不清楚。本文中，我们选择青藏高原特有两栖物种高山倭蛙（Nanorana parkeri）作为研究对象，通过比较转录组学在表达水平方面探究变温动物高原适应的遗传机制。通过与近缘物种的差异表达分析，我们发现高山倭蛙肝脏组织中表达上调的基因在能量代谢相关通路显著富集，这也是恒温动物高原适应采取的一种策略。而在卵巢组织中，表达上调的基因在脂肪合成代谢，碳水化合物代谢等营养代谢通路显著富集，与高山倭蛙顺利渡过高原上较长的冬眠相关。在皮肤组织中，我们发现ASTKD1和STK17A基因的表达上调与细胞的紫外应答和存活相关。 高通量RNA-seq数据不仅可以进行差异表达分析，还可以用于系统发育分析。牛作为一种反刍动物，能将饲料等低阶营养物质转化为营养丰富的肉奶，具有良好的经济价值而在世界范围内保持着丰富的物种多样性。大额牛(Bosfrontalis)是牛属特殊的一员，在我国主要分布于怒江和独龙江流域，是一种半野生半家养的珍贵品种，它的起源问题仍存在很大争议，主要集中在3种假说:(1)由印度野牛（Bos gaurus）驯化而来;(2)由雄性印度野牛和雌性普通牛(Bostaurus)或瘤牛（Bos indicus）杂交成种;(3)起源于印度野牛的某种现已灭绝的近亲。本文中，我们利用RNA-seq技术，对获取的大额牛血样进行了转录组测序和拼装，通过与普通牛、瘤牛、牦牛（Bos grunniens）、山羊（Capra hircus）和野猪(Sus scrofa)预测直系同源基因，结合“串联”和“并联”等数据分析方法，分别构建了最大似然树，贝叶斯树，并由单基因树推断物种树，结果显示大额牛最先分化出来，与牦牛、普通牛和瘤牛是姐妹群关系，支持大额牛是一个独立的物种和独立起源的，为日后大额牛及其近缘物种的进化研究提供了科学依据。 收起